Probentransferwerkzeug

专利摘要:
Die Erfindung betrifft ein mit Wirkstoffen beschichtetes, stabförmiges Probentransferwerkzeug, dessen Herstellung und dessen Verwendung zum Transfer von Nukleinsäure-haltigem Probenmaterial in Reaktionsgemische von enzymatischen Nachweisreaktionen.
公开号:EP3695906A1
申请号:EP20157443.1
申请日:2020-02-14
公开日:2020-08-19
发明作者:Dr. Christoph Kirsch；Elena Yaroshevskaya
申请人:Axagarius GmbH and Co KG；
IPC主号:C12Q1-00

专利说明:
[0001] Die Erfindung betrifft ein mit Wirkstoffen beschichtetes, stabförmiges Probentransferwerkzeug, dessen Herstellung und dessen Verwendung zum Transfer von Nukleinsäure-haltigem Probenmaterial in Reaktionsgemische von enzymatischen Nachweisreaktionen. Hintergrund der Erfindung
[0002] Bei direkt-PCR Nachweisverfahren für Vollblut sowie für Pflanzenmaterial haben sich gegenwärtig zwei Verfahren für die Probenvorbehandlung etabliert:Ein erstes Verfahren mit einfacher Probenvorbehandlung, wie z.B. Verdünnung der Probe oder ein schneller Aufschluss des Blutes in einem Lysepuffer, teilweise kombiniert mit Proteinase und/oder Inkubationsschritten bei erhöhten Temperaturen. Diese Verfahren erfordern typischerweise für die Probenvorbereitung mindestens ein Reaktionsgefäß, Lysepuffer, ggf. Neutralisierungspuffer und Proteinase, Inkubationsschritte bei erhöhten Temperaturen von 5 bis 30 min sowie Pipettenspitzen zum Transfer der Lösungen.
[0003] Ein zweites, "echtes" direkt-PCR Verfahren, in der ein Blutaliquot direkt als Template in die PCR-Reaktion gegeben wird. Hierbei werden Blutvolumen von 0,2 bis 5 µl für PCR-Ansätze von 10 bis 50 µl empfohlen.
[0004] Das erste Verfahren hat den Vorteil, dass im Blut befindliche PCR-Inhibitoren durch die Lyse zerstört oder inaktiviert werden können, so dass die nachfolgende PCR zuverlässiger ablaufen kann, bzw. die Anforderungen an die Robustheit der PCR Reagentien geringer sind. Es hat jedoch den Nachteil, dass mehr Schritte, Materialien und Zeit nötig sind, als für das zweite Verfahren.
[0005] Das zweite Verfahren hat den Vorteil, dass die Handhabungsschritte weitestgehend minimiert sind, hat jedoch den Nachteil, dass die Anforderungen an die Robustheit des PCR-Systems wesentlich höher sind, da PCR-Inhibitoren in recht großer Menge in die PCR eingetragen werden, da erstens das Blutvolumen, welches in die PCR gelangt, typischerweise höher ist als im ersten Verfahren und da zweitens Inhibitoren im Blut in keiner Weise vor Beginn der PCR inaktiviert, zurückgehalten oder abgetrennt werden. Im zweiten Verfahren wird also lediglich eine Probenmenge in die PCR getragen, ohne dass die Probe in irgendeiner Weise eine Behandlung erfährt, die über den Transfer in die PCR hinausgeht.
[0006] Des Weiteren hat das zweite Verfahren den Nachteil, dass bei Einsatz von typischerweise 1 µl Blut je 20 µl PCR die Proteine des Blutes während der PCR ausfallen, die PCR deutlich verfärben und nach der Reaktion bzw. vor der Gelelektrophorese typsicherweise eine Behandlung erforderlich ist, wie z.B. Zentrifugation der Probe oder Zugabe von Proteinase zwecks Entfernung der Trübstoffe und somit Vorbereitung der Probe für die DNA-Gelelektrophorese. Andernfalls behindern oder vereiteln die Trübstoffe sogar die gelelektrophoretische Analyse der PCR-Amplifikate.
[0007] Weiterhin ist für das zweite Verfahren nachteilig, dass, trotz großer Robustheit diverser PCR-Systeme, die DNA-Amplifikation von einigen Bluttypen (organismenabhängig) dennoch unzureichend funktioniert und/oder die Zugabe einer sehr kleinen (deutlich unter 1 µl) Blutmenge erfordert, insbesonders wenn man sich beim PCR-Volumen auf 10 µl beschränkt und nicht, wie bei einigen Verfahren des Standes der Technik, 50 µl Reaktionen durchführt.
[0008] Erfahrungsgemäß lassen sich Blutproben von weniger als 1 µl jedoch nur schwer handhaben, erfordern spezielle Pipettenspitzen für das Pipettieren von Submikoliter-Proben und erfordern mehr Erfahrung und Aufmerksamkeit durch den Anwender als beim Pipettieren von Mikoliterproben.
[0009] Die Aufgabe der vorliegenden Erfindung bestand nun darin, die Vorteile des ersten Verfahrens (Inaktivierung von im Blut befindlichen PCR-Inhibitoren) und des zweiten Verfahrens (direkte Zugabe von Blut als Template in die PCR) zu verbinden, jedoch ohne die jeweiligen nachteiligen Nebeneffekte in Kauf zu nehmen. Dabei sollten unterschiedliche Körperflüssigkeiten, einschließlich Vollblute, mit verschiedenen Antikoagulantien (EDTA, Citrat, Heparin) wie auch verschiedene Organismen (Mensch, Maus, Ratte, Kaninchen, Meerschweinchen, Huhn) berücksichtigt werden. Weiterhin ist zu berücksichtigen, dass, aus Kostengründen, die PCR in einem möglichst kleinen Volumen zu etablieren ist, welches jedoch groß genug ist, um eine einfache Handhabung in einem durchschnittlichen Labor zu ermöglichen und zu akzeptablen Ergebnissen führt. Akzeptable Ergebnisse sind klar erkennbare Amplifikatbanden in der DNA-Gelelektrophorese. Es hat sich gezeigt, dass ein PCR-Volumen von 10 µl diesbezüglich angemessen ist. Zusammenfassung der Erfindung
[0010] Die der Erfindung zugrundeliegende Idee ist, in den Prozess der Probennahme und Transfer der Probe in die PCR eine Probenbehandlung einzubauen, der Art, dass während des Prozesses des Probentransfers das Probentransferwerkzeug Einfluss auf die Probe nimmt, d.h. dass das Werkzeug PCR-Inhibitoren durch z.B. Bindung von PCR-Inhibitoren oder durch Freisetzung von PCR-Inhibitor inaktivierenden Substanzen unschädlich macht oder zumindest die schädliche Wirkung reduziert, so dass besser oder überhaupt erst in der nachfolgenden PCR DNA amplifizieren werden kann. Es wurde festgestellt, dass der Transfer von sehr kleinen Blutmengen als Template in eine 10 µl umfassende PCR sehr einfach mittels eines mit Wirkstoff (z.B. Antikoagulantien) beschichteten Stäbchens geeigneter Länge, Form und Material durchgeführt werden kann. Die vorliegende Erfindung betrifft somit(1) ein stab- oder röhrenförmiges Probentransferwerkzeug, das wenigstens einen Abschnitt aufweist, der mit einem oder mehreren Wirkstoffen beschichtet ist, der auf eine Nukleinsäure-enthaltende Probe Einfluss nimmt, so dass in der Probe enthaltene Stoffe, die eine nach dem Transfer erfolgende enzymatische Reaktion hemmen, zumindest teilweise gebunden oder inaktiviert werden; (2) ein Verfahren zur Herstellung des stab- oder röhrenförmiges Probentransferwerkzeuges von Aspekt (1), umfassend das BehandeIn/Beschichten des Ausgangs-Probentransferwerkzeugs mit einem oder mehreren Wirkstoff(en); (3) die Verwendung des stab- oder röhrenförmigen Probentransferwerkzeuges von Aspekt (1) zum Transfer von Nukleinsäure-haltigen Proben in eine enzymatische Reaktion; (4) ein Nachweisverfahren umfassend: (a) in-Kontakt-bringen von dem stab- oder röhrenförmigen Probentransferwerkzeug von Aspekt (1) mit einer festen oder flüssigen Phase einer Nukleinsäure-haltigen Probe, so dass eine ausreichende Menge der Nukleinsäure-haltigen Probe an dem Probentransferwerkzeug haften bleibt, (b) Transfer des Probentransferwerkzeugs zu einem Reaktionsgemisch für eine enzymatische Nachweisreaktion und Eintauchen des Probentransferwerkzeugs in das Reaktionsgemisch, so dass eine für die Nachweisreaktion hinreichende Menge der Nukleinsäure-haltigen Probe in die Enzymreaktion eingetragen wird, (c) Entfernen des Probentransferwerkzeug aus dem Reaktionsgemisch für die enzymatische Nachweisreaktion; und (d) Durchführung der enzymatischen Nachweisreaktion; und (5) einen Kit zur Durchführung des Nachweisverfahrens von Aspekt (4), umfassend ein oder mehrere der Probentransferwerkzeuge von Aspekt (1). Kurzbeschreibung der Figuren
[0011] Die Figuren 1-43 zeigen die Ergebnisse der Beispiele 1-43. Detaillierte Beschreibung der Erfindung
[0012] Der Transfer von kleinen Probenmengen (z.B. Blut oder Bakterien aus einer Petrischale) mittels eines Stäbchens (z.B. Zahnstocher oder Pipettenspitze) ist schon seit langem bekannt und wird auch angewendet ("Colony PCR"). Die vorliegende Erfindung beruht auf dem überraschenden Befund, dass durch Vorbehandlung des Probentransferstäbchens mit einem geeigneten Wirkstoff, dieses mit einer Inhibitorinaktivierenden Funktion ausgestattet werden kann. Dem Fachmann ist hinlänglich bekannt, dass Heparin an und für sich eine stark PCR-inhibitorische Wirkung hat (vgl. EP-B-2373804 , Seite 2 Abschnitt 7), insbesondere, wenn gereinigte DNA als Template in der PCR verwendet wird. Ebenfalls bekannt für den Fachmann, dass Polyanionen wie Heparin und andere sulfatisierte Polysaccharide als Inhibitoren der thermostabilen Polymerasen in PCR-Reaktionen eingesetzt werden können (vgl. US Patent 6,667,165 ). In EP-B-2373804 wurde jedoch weiterhin festgestellt, dass mit Heparin behandelte Blutproben und Verwendung dieser Blutproben als Template in direkt-PCR, weniger PCR-inhibitorische Wirkung aufweisen, als Blutproben welche mit Citrat oder EDTA antikoaguliert wurden. Offensichtlich "neutralisieren" sich PCR-inhibitorische Wirkungen von Heparin und PCR-Inhibitoren in Vollblut gegenseitig, so dass heparinisiertes Blut in der direkt-PCR wesentlich besser als Template für die PCR funktioniert, als EDTA- oder Citrat-behandeltes Blut. Überraschender Weise wurde festgestellt, dass mit geeigneten Wirkstoffen wie Heparin behandelte Stäbchen (Kunststoffzahnstocher) die technische Aufgabe lösen können. Dies mündete in dem erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeug, dessen Herstellung und Verwendung gemäß Aspekten (1) bis (5) wie vorstehend beschrieben.
[0013] In dem Probentransferwerkzeug von Aspekt (1) der Erfindung werden dabei bevorzugt solche Wirkstoffe eingesetzt, die Stoffe aus dem Probenmaterial, welche eine nach dem Transfer erfolgende enzymatische Nachweisreaktion hemmen, inaktivieren. Weiterhin ist es bevorzugt das die Wirkstoffe bei Kontakt mit der Probe in die Probe abgegeben oder in der Probe gelöst werden.
[0014] Weiterhin ist es bevorzugt, dass die eingesetzten Wirkstoffe Verbindungen, welche die nach dem Transfer erfolgende enzymatische Reaktion inhibieren, inaktivieren oder deren inhibitorische Wirkung reduzieren. Dabei kann das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug entweder durch die Wirkstoffe diese Verbindungen/Inhibitoren binden oder die Wirkstoffe abgeben, um dadurch die Inhibitoren zu inaktivieren. Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug ist geeignet Probenmaterial in eine enzymatische Reaktion, insbesondere eine Nachweisreaktion. einzutragen. Die enzymatische Nachweisreaktion ist dabei bevorzugt ausgewählt aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation, und die Wirkstoffe sind bevorzugt ausgewählt aus Antikoagulantien und polymeren Verbindungen wie Heparin, Chondrotinsulfat, Heparansulfat, Keratansulfat, Amidopektinen, Hyaluronsäure, Pektinen, Xanthan, Chitosan, Oligo-Glucosamin, Dextransulfat, Carrageen, Methylcellulose, Guaran und anderen Stoffen wie Chaotropsalze (z.B. Barium-, Calcium- und Guanidiniumperchlorate, -thiocyanate und -perchloracetate), für die bekannt ist, dass sie enzymatische Nachweisreaktionen hemmende/inhibitorische Stoffe inaktivieren. Dabei ist/sind der/die Wirkstoffe in einer ausreichenden Inhibitor-hemmenden Menge auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden, wobei insbesondere für Heparin eine Beschichtung von 0,001 bis 0,5, bevorzugt 0,01 bis 0,1 IE/cm² Probentransferwerkzeugoberfläche, für andere Polysaccharide eine Beschichtung von 0,005 bis 500, bevorzugt 0,02 bis 25 µg/cm² Probentransferoberfläche und für Chaotropsalze eine Beschichtung von 0,1 bis 50, bevorzugt 1,5 bis 4 µmol/cm² Probentransferwerkzeugoberfläche auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden ist.
[0015] Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug kann dabei die Form eines Stäbchens, eines Stiftes, einer Nadel, eines Röhrchens oder einer Pipettenspitze aufweisen und kann aus einem festen Material wie Kunststoff, Holz, Pappe, Papier, Keramik, Glas, Ton, Magnesia, Metall oder Kombinationen daraus bestehen. Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug kann dabei einen Bereich aufweisen, der zum Kontakt mit der Nukleinsäure-haltigen Probe bestimmt ist und der mit den Wirkstoffen beschichtet ist, und weiterhin einen Bereich aufweisen, mit dem das Probentransferwerkzeug durch den Operator, einschließlich einem Menschen oder einer Maschine, gehalten wird.
[0016] Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug sollte dabei vorzugsweise so dimensioniert sein, dass es eine Probenmenge von 10 bis 500 nl, vorzugsweise von 50 bis 200 nl transferieren (bzw. 10 bis 500 µg, vorzugsweise 50 bis 200 µg, im Falle von Feststoffen) kann. Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug sollte vorzugsweise so mit dem/den Wirkstoff(en) beschichtet sein, dass eine ausreichende Inhibitor-hemmenden Menge des/der Wirkstoff(e) auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden ist, z.B. Mengen wie sie vorstehend definiert sind. Das erfindungsgemäße Probentransferwerkzeug kann neben den vorstehend genannten Wirkstoffen noch mit weitere neutralen Detergentien (wie z.B. Polyoxyethylenderivate von Sorbitanmonolaureat bzw. Sorbitanmonopalmitat der Tween® Serie und Polyoxyethylenderivate von Fettalkoholen der Brij® Serie) und mit Salzen (wie z.B. nicht-chaotrope Salze und Puffer) beschichtet sein.
[0017] Besonders bevorzugt ist dabei ein Probentransferwerkzeug, das aus einem Plastikstäbchen, Zahnstocher oder Kunststoffzahnstocher besteht und das mit Heparin beschichtet ist. Hierzu eignen sich z.B. Zahnstocher, bevorzugt Kunststoffzahnstocher einer speziellen Sorte. Nach dem In-Kontakt-bringen der Stäbchenspitze mit der Blutprobe haften verlässlich ca. 50 bis 200 nl Blut an deren Stäbchenspitze. Tippt man mit dieser Spitze in einen 10 µl PCR-Ansatz, wird die Blutmenge teilweise oder ganz in den PCR-Ansatz transferiert. Die durch das Stäbchen aufgenommene und abgegeben Blutmenge ist besser/genauer zu kontrollieren, als mit gebräuchlichen 0,5 bis 10 µl Pipettenspitzen oder Holzzahnstochern. Mittels dieser Methode lassen sich sehr gut PCRs in einem Volumen von 10 µl mit folgenden Blutproben durchführen: Human, Katze, Schaf, Meerschweinchen, Rind.
[0018] In dem erfindungsgemäßen Verfahren zur Herstellung des Probentransferwerkzeugs nach Aspekt (2) der Erfindung, erfolgt die Beladung mit Wirkstoffen entweder durch einfaches oder mehrfaches Tauchen des Ausgangs-Probentransferwerkzeugs (dem unbehandeltem Stäbchen oder Röhrchen) in eine wässrige Lösung mit einem oder mehreren Wirkstoffen und nachfolgendem Trocknen des Probentransferwerkzeugs, oder durch ein kovalentes Binden des Wirkstoffes oder der Wirkstoffe an das Ausgangs-Probentransferwerkzeug. Das Verfahren, das Tauchen/Trocknen umfasst, ist unter kommerziellen Gesichtspunkten sicherlich bevorzugt. Wie bereits vorstehend erwähnt, sind die Wirkstoffe vorzugsweise ausgewählt aus Antikoagulantien und polymeren Verbindungen wie Heparin, Chondrotinsulfat, Heparansulfat, Keratansulfat, Amidopektinen, Hyaluronsäure, Pektinen, Xanthan, Chitosan, Oligo-Glucosamin, Dextransulfat, Carrageen, Methylcellulose, Guaran und anderen Stoffen, für die bekannt ist, dass sie enzymatische Reaktionen hemmende/inhibitorische Stoffe inaktivieren.
[0019] Bei der Verwendung nach Aspekt (3) der Erfindung, ist die enzymatische Reaktion vorzugsweise eine enzymatische Nachweisreaktion, die insbesondere ausgewählt ist aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation. Bei dieser Verwendung können die folgende Art von Proben untersucht werden, Körperbestandteile und Körperflüssigkeiten, einschließlich Blut, Urin, Speichel, Zellen, Gewebe und Stuhl, Pflanzen und Pflanzenbestandteilen, einschließlich jeglicher Art von Pflanzenmaterial, wobei Körperflüssigkeiten, Pflanzenmaterial und Stuhlproben besonders bevorzugt sind.
[0020] In dem erfindungsgemäßen Nachweisverfahren von Aspekt (4) nimmt das Probentransferwerkzeug auf die Nukleinsäure-haltigen Probe dahin gehend Einfluss, dass in der Probe enthaltene Stoffe, die die enzymatische Nachweisreaktion hemmen, mindestens teilweise inaktiviert oder gebunden werden. Es ist dabei bevorzugt, dass die enzymatische Nachweisreaktion ausgewählt ist aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation. Wie vorstehend zu Aspekt (3) ausgeführt, können auch hier die Proben ausgewählt sein aus Körperbestandteilen und Körperflüssigkeiten, einschließlich Blut, Urin, Speichel, Zellen, Gewebe und Stuhl, Pflanzen und Pflanzenbestandteilen, einschließlich jeglicher Art von Pflanzenmaterial, wobei Körperflüssigkeiten, Pflanzenmaterial und Stuhlproben besonders bevorzugt sind. In beiden Aspekten (3) und (4) bedeutet "Transfer ... in ein Reaktionsgemisch", dass sich das Reaktionsgemisch in einem offenen oder verschließbaren Reaktionsgefäß, in einem Napf einer (Mikro-)Titerplatte oder auf einer ebenen Platte befinden kann.
[0021] In dem erfindungsgemäßen Nachweisverfahren können die Schritte (a) und (b), unabhängig voneinander, manuell durch einen Operator, oder maschinell durchgeführt werden. Hierbei ist es bevorzugt, dass durch die Schritte (a) und (b) eine Probenmenge von 10 bis 500 nl, vorzugsweise von 50 bis 200 nl transferiert wird (bzw. 10 bis 500 µg, vorzugsweise 50 bis 200 µg bei Feststoffen). Weiterhin ist es bevorzugt, dass das Reaktionsvolumen der Nachweisreaktion 1 bis 100 µl, vorzugsweise etwa 10 µl beträgt. Optional kann in dem erfindungsgemäßen Nachweisverfahren vor dem in-Kontakt-bringen von Schritt (a) eine Lyse des Probenmaterials erfolgen.
[0022] Der Kit nach Aspekt (5) der Erfindung kann weiterhin Reagenzien, Reaktionsgemische und/oder Lösungsmittel für die Nachweisreaktion und/oder Reagenzien für die Lyse des Probenmaterials enthalten.
[0023] Die Erfindung wird anhand der nachfolgenden Beispiele näher erläutert, diese sollen den Schutzbereich der vorliegenden Erfindung jedoch nicht einschränken. Beispiele Materialien und Methoden
[0024] Übergreifend für alle Versuche, sofern nicht anders angegeben:Herstellung Probentransferwerkzeug: Ein Stäbchen, z.B. ein handelsüblicher Kunststoffzahnstocher wird für einige Sekunden bis einige Minuten in eine Lösung eingetaucht, die besteht aus wässriger Lösung enthaltend: Als Wirkstoff: 38 IE Heparin je ml oder einen anderen Wirkstoff wie in den Beispielen angegeben; als Hilfstoff: 10% Polysorbat 20 (CAS-Nr. 9005-64-5, Handelsname z.B. Tween® 20) oder Polypropylenglykol (CAS 25322-69-4, durchschnittliches Molekulargewicht: 2700 g/mol). Nach Trocknung für mindestens eine Stunde wird das Werkzeug zum Probentransfer verwendet. PCR-Mix: MACHEREY-NAGEL NucleoType HotStart PCR Master Mix enthaltend Hotstart Taq DNA-Polymerase, Puffer, Magnesiumionen, dNTPs, roter Farbstoff. Reaktionsansatz von 10 µl enthält: 5 µl NucleoType HotStart PCR Master Mix, je 0,2 µM eines jeden Primer, Wasser. In diesen Reaktionsansatz wird mittels Transfer Tool Probe hinzugegeben. Typischer Reaktionsansatz für die PCR für eine Probe: 5 µl NucleoType HotStart PCR Master Mix; 0,2 µl Primer A (10 µM); 0,2 µl Primer B (10 µM); 4,6 µl Wasser; 10 µl Gesamtvolumen. Probentransfer: Das Werkzeug wird kurz (ca. eine Sekunde) um ca. 1 - 5 mm tief in die Probe eingestochen und hiernach kurz (ca. eine Sekunde) in den PCR eingedippt, ohne weitere Misch- oder Rührbewegungen auszuführen. PCR-Gerät: Als PCR-Gerät wurde entweder ein MasterCycler Gradient (Firma Eppendorf) oder ein Thermocycler GeneExplorer Triple oder Thermocycler GeneExplorer Advanced (Firma JoJo Life Sciences) verwendet. Analytik der PCR-Produkte: Nach Durchführung der PCR wurden die Reaktionsansätze mittels Gelelektrophorese (1% Agarosegel in TAE-Puffer, Anfärbung mittels Ethidiumbormid) oder mittels Agilent 2100 Bioanalyzer und Agilent DNA 1000 Kit laut Herstellerangaben analysiert. Tabelle 1: Verwendete PrimerPrimerpaar # SEQ ID NO: Sequenz 5' - 3' Amplifikatgröße (bp) Zielbereich Mt: Mitochondrial Kk: Kernkodiert Spü: Speziesübergreifend Spsp: Speziesspezifisch 1 1 F: GGAATGGCATTGACTTGGTC 813 Bitter-Taste Receptor Gene 2 R: GTTCTCGGAACCGATCACA Repertoire in Different Lagomorphs Species 2 3 F: CTGAAGCTTTTGGCTTTGAG female: 331 bp male: 302 + 331 bp Kk, sex determination 4 R: CCGCTGCCAAATTCTTTGG 3 5 F: AACGACCCCTTCATTGAC 191 Kk, GAPDH, spü, im Mausgenom mehrere dutzend bis zu ca. 200 Targets 6 R: TCCACGACATACTCAGCAC 4 7 F: CTCCTACCTCTACAA 415 Spsp, Huhn 8 R: GGCTAGTGTTAGGAAT 5 9 F: GAGATGTTTTTGCTGGTATTGA 308 ManyPlants 10 R: AAYGTATAAACCAATGCTTCCAT 6 11 F: GACGGGAATTGAACCCGCG 447 ManyPlants 12 R: GTTATGCATGAACGTAATGCTC 7 13 F: GCCCTCTACTCCACCCCCATCC 118 Spsp, Soja 14 R: GCCCATCTGCAAGCCTTTTTGTG 8 15 F: CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC 226 Spsp, Mais 16 R: GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC 9 17 F: GTAACTTCCAAATTCAGAGAAAC 201 Spsp, Weizen 18 R: TCTCTAATTTAGAATTAGAAGGAA 10 19 F: CACAGTATTTGCTCGCTGAGA 422 Spsp, Tabak 20 R: CCATTGCTGCTTCTTCTCC 11 21 F: TTAATTCAAAAATCATTTTTCCCG 230 Spsp, Arabidopsis 22 R: TCAATGAAAGTCCCATTCTTTG 12 23 F: TTCCGAACCGAATCAAGG 193 Vitis vinifera 24 R: GGAGCACCGTTCCAAGC 13 25 F: CAWCGATGAAGAACGYAGC 418 Spü, Pflanzen, Pilze 26 R: RGTTTCTTTTCCTCCGCTTA 14 27 F: GGAAGKARAAGTCGTAACAAGG 745 Spü, Pflanzen, Pilze 28 R: RGTTTCTTTTCCTCCGCTTA duplex 15 29 F: CCTTATCAYTTAGAGGAAGGAG 757 Spü, Pflanzen, Pilze 30 R: RGTTTCTTTTCCTCCGCTTA (13) 25 F: CAWCGATGAAGAACGYAGC 418 26 R: RGTTTCTTTTCCTCCGCTTA 16 31 F: CTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAA 142 Spsp, Ziege 32 R: TGACCTAACGTCTTTATGTGTGGTG Tabelle 2: Verwendete PCR-Programme, -GerätePCR-Programm # Programm Gerät 1 1x: 95°C 2 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 95°C, 15 s; 55°C, 15 s; 72°C, 15 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 2 1x: 95°C 2 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 95°C, 15 s; 60°C, 15 s; 72°C, 15 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 3 1x: 95°C 2 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 95°C, 15 s; 38°C, 15 s; 72°C, 15 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 4 1x: 95°C 2 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 95°C, 15 s; 65°C, 15 s; 72°C, 15 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 5 1x: 95°C 2 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 95°C, 15 s; 52°C, 15 s; 72°C, 15 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 6 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 60°C, 20 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 7 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 55°C, 30 s; 72°C, 1 min 1x: 72°C, 1 min Kühlung 8 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 60°C, 30 s; 72°C, 1 min 1x: 72°C, 1 min Kühlung 9 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 55°C, 20 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 10 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 65°C, 20 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 11 1x: 95°C 2 min Thermocycler GeneExplorer Advanced 40x: 95°C, 15 s; 52°C, 30 s; 72°C, 1 min 1x: 72°C, 1 min Kühlung 12 1x: 95°C 2 min GET3X Thermal Cycler 40x: 95°C, 15 s; 55°C, 20 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 13 1x: 98°C 5 min Eppendorf Gradient Cycler 40x: 98°C, 5 s; 55°C, 5 s; 72°C, 20 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 14 1x: 94°C 3 min Eppendorf Gradient Cycler 30x: 94°C, 30 s; 55°C, 30 s; 72°C, 20 s 1x: 72°C, 10 min Kühlung 15 1x: 95°C 3 min Eppendorf Gradient Cycler 30x: 95°C, 15 s; 55°C, 15 s; 72°C, 45 s Kühlung 16 1x: 95°C 3 min Eppendorf Gradient Cycler 35x: 95°C, 20 s; 55°C, 30 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 17 1x: 95°C 2 min GET3X Thermal Cycler 40x: 95°C, 15 s; 60°C, 20 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung 18 1x: 95°C 2 min GET3X Thermal Cycler 40x: 95°C, 15 s; 60°C, 30 s; 72°C, 30 s 1x: 72°C, 1 min Kühlung Übersicht
[0025] Beispielgruppe I: Blutproben (mit Heparin-behandelte Probentransferwerkzeuge). Beispiel 1: Verschiedene Heparinkonzentrationen in Wasser und Tween® 20 Beispiel 2: Verschiedene Eintauchtiefen Beispiel 3: Tween® 10%ig und Brij 1%ig als Hilfsstoffe Beispiel 4: 20 Replikate. Kontrolle: Tween® ohne Heparin Beispiel 5: 20 Replikate. Kontrolle: Probentransferwerkzeug unbehandelt Beispiel 6: Eintauchtiefen in Heparin und Blut Beispiel 7: Robustheit Werkzeug: mechanische Einwirkung und anderes Beispiel 8: Diverse Blutproben Beispielgruppe II: Pflanzenblattproben (mit Heparin-behandelte Probentransferwerkzeuge) Beispiel 9: Weizen, Mais, Baumwolle: Werkzeug behandelt vs. unbehandelt Beispiel 10: Soja: Werkzeug behandelt vs. unbehandelt Beispiel 11: Soja, Weizen, Mais, Tabak: Werkzeug behandelt. Einfache Kontrollen Beispiel 12: Arabidopsis, Probennahme: durchstechen, kratzen Beispiel 13: Tabak, Probennahme: anstechen, kratzen. Dauer Probentransfer 0-4 s Beispiel 14: Tabak, Probennahme und -transfer: stechen, kratzen, 1x, 2x antippen, einrühren Beispiel 15: Mechanische Stabilität der Beschichtung. Tabak Beispiel 16: Duplex PCR Tabak-Wein, Bioanaylzer Beispiel 17: Soja, Baumwolle, Weizen, Amplikon 418 bp Beispiel 18: Baumwolle, Weizen, Amplikon 745 bp Beispiel 19: Tabak, Weinblätter: Nach Probenaufnahme direkter Probentransfer vs. Eintrocknung Probe Beispiel 20: Duplex PCR Soja, Baumwolle, Weizen, 418 bp + 757 bp Beispiel 21: Probennahme: Einstechen vs. Durchstechen, Tabak, Wein Beispiel 22: Beschichtungsprozedur: Einzeln oder im Bündel. Beispiel 23: Vergleich: Lysat vs. direkter Probentransfer. Tabak, Baumwolle Beispiel 24: PCR-Volumen 10 - 50 µl, Tabak, Baumwolle Beispiel 25: Lagerung der Beschichtung: frisch vs. 2 Monate bei -20 °C bis +37 °C. Beispiel 26: Produktvergleich Beispielgruppe III: Andere Probenarten Beispiel 27: Avocadofruchtfleisch: Werkzeug +/- Heparin Beispiel 28: Avocadofruchtfleisch: Werkzeug +/- Heparin Beispielgruppe IV: Unterschiedliche Wirkstoffe Beispiel 29: Chondrotinsulfat 5%, 1% im Vergleich zu Heparin und Negativkontrolle Beispiel 30: Dextransulfat 0,1 - 5% im Vergleich zur Heparinkontrolle und NK, Maus EDTA-Blut Beispiel 31: Chaotropsalzlösung anstelle von Heparin Beispiel 32: Carrageenan 0,05 - 0,5%, Kaninchenblut Beispiel 33: Dextransulfat 0,01% - 1,5% mit Tabak Beispiel 34: Arabidopsis: Heparin, Dextran vs. Unbeschichtet und NK Beispiel 35: Mais: Dextran 0,001%, 0,005%, 0,01% vs. unbeschichtet Beispiel 36: GITC und GuHCl +/- Tween® mit Weinblatt Beispiel 37: Tween® als Hilfsstoff ersetzt durch Wasser bzw. Propylenglykol mit Blätter und Blut Beispiel 38: λ-Carrageenan mit Blut Beispiel 39: λ-Carrageenan mit Fleisch (Ziege) Beispielgruppe V: Unterschiedliche Materialien und Formen des Probentransferwerkzeugs Beispiel 40: Zahnstocher, Pipettenspitzen, Büroklammer Beispiel 41: Combitips Innenteil, Büroklammer mit Baumwollblatt Beispiel 42: Polystyrolstäbchen aus Wägeschiffchen mit Blut Beispiel 43: Pipettenspitze mit Blut Beispiel 1: Verschiedene Heparinkonzentrationen in Wasser und Tween® 20 Probenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0026] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit Li-Heparin +/- Tween® 20 verschiedener Mengen. Beschichtungslösungen:
[0027] Heparinmenge in Internationalen Einheiten (IE) je 500 µl Wasser: 120 IE; 12 IE ÜW (vom Vortag); 1,2 IE fr. (frisch hergestellt); 0,12 IE. 0,1% Tween® 20: 120 IE; 12 IE; 1,2 IE; 0,12 IE, 0 IE. P: Positivkontrolle: 50 µl Blut mit 1,5 IE Heparin behandelt, Zahnstocher unbehandelt N: Blut unbehandelt, Probentransferwerkzeug unbehandelt Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0028] Das Ergebnis ist in Figur 1 gezeigt (Heparinmenge in Internationalen Einheiten (IE) je 500 µl): M - Marker; A - 120 IE Heparin in Wasser; B - 12 IE Heparin in Wasser, vom Vortag; C - 12 IE Heparin in Wasser, frisch hergestellt; D - 1,2 IE Heparin in Wasser; E - 0,12 IE Heparin in Wasser; F - 0 IE Heparin in Wasser; G - 120 IE Heparin in 0,1% Tween® 20; H - 12 IE Heparin in 0,1% Tween® 20; I - 1,2 IE Heparin in 0,1% Tween® 20; J - 0,12 IE Heparin in 0,1% Tween® 20; K - 0 IE Heparin in 0,1% Tween® 20; L - 120 IE Heparin in 1% Saccharose; O - 12 IE Heparin in 1 % Saccharose; Q - 1,2 IE Heparin in 1% Saccharose; R - 0,12 IE Heparin in 1 % Saccharose; S - 0 IE Heparin in 1% Saccharose; P - Positivkontrolle: 50 µl Blut mit 1,5 IE Heparin behandelt, Zahnstocher unbehandelt; N - Blut unbehandelt, Zahnstocher unbehandelt
[0029] Fazit: Bei Verwendung eines Probentransferwerkzeugs, welches mit einer Lösung aus Heparin in geeigneter Konzentration in Wasser oder in 0,1% Tween® 20 beschichtet wurde, bildet sich in der PCR ein Amplifikat, wohingegen es bei Verwendung eines unbehandelten Zahnstochers zum Probentransfer nicht zur Amplifikation kommt (N). Bei der Positivkontrolle (P) wurde das Blut mit Heparin behandelt, bevor es mit einem unbeschichteten Zahnstocher in die PCR transferiert wurde. Beispiel 2: Verschiedene Eintauchtiefen:Probenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0030] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit Li-Heparin/ Tween® 20. Zahnstocher unterschiedlich tief in Lösung zur Beschichtung eingetaucht. Beschichtungslösungen:
[0031] 120 IE Heparin in 500 µl 0,1 % Tween®, Zahnstocher eingetaucht 10 mm oder 2 mm in Beschichtungslösung, P: Positivkontrolle: 50 µl Blut mit 1,5 IE Heparin behandelt, Zahnstocher unbehandelt, Ohne Heparin: Stäbchen unbeschichtet, N: PCR ohne Probenzugabe Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0032] Das Ergebnis ist in Figur 2 gezeigt: M - Marker; A - 120 IE Heparin in 500 µl 0,1 % Tween®, Zahnstocher 10 mm in Beschichtungslösung eingetaucht; B - 120 IE Heparin in 500 µl 0,1 % Tween®, Zahnstocher 2 mm in Beschichtungslösung eingetaucht; C - Ohne Heparin: Zahnstocher unbeschichtet; P - Positivkontrolle: 50 µl Blut mit 1,5 IE Heparin behandelt, Zahnstocher unbehandelt; N - Negativkontrolle: PCR ohne Templatezugabe
[0033] Fazit: Bei Verwendung eines Probentransferwerkzeugs, welches zur Beschichtung 2 mm oder 10 mm tief in die Beschichtungslösung eingetaucht wurde, ergeben sich PCR-Amplifikate, wohingegen sich bei Probentransfer mittels unbeschichteter Zahnstocher keine PCR-Amplifikate bilden. Beispiel 3: Tween® 10 %ig und Brij® 1 %ig als HilfsstoffeProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0034] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit folgenden Lösungen: 20 IE Heparin in 500 µl Lösung 10% Tween® 20 oder 1% Brij® 58 (CAS 9004-95-9)Negativkontrolle "ohne Heparin" = Zahnstocher unbehandelt N: Negativkontrolle, PCR ohne Template Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0035] Das Ergebnis ist in Figur 3 gezeigt: M - Marker; A - 20 IE Heparin in 500 µl Lösung 10% Tween®20; B - 20 IE Heparin in 500 µl Lösung 1% Brij® 58; N1 - Negativkontrolle "ohne Heparin", Zahnstocher unbehandelt; N2 - Negativkontrolle, PCR ohne Template
[0036] Fazit: Bei Verwendung eines Zahnstochers, der mit Heparin gelöst in 10% Tween®20 oder in 1% Brij® 58 beschichtet wurde, bilden sich Zielamplifikate, wohingegen ein Probentransfer mit unbeschichtetem Zahnstocher keine Amplifikate bildet. Als Hilfsstoff kann somit nicht nur das Detergenz Tween® 20 sondern auch das Detergenz Brij® 58 verwendet werden. Beispiel 4: 20 Replikate. Kontrolle: Tween ohne HeparinProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0037] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit A: 20 IE Heparin/500 µl 10 %iges Tween®20 (20 Replikate); B: 10 %iges Tween®20 (5 Replikate);Probentransfer: Zur Probenaufnahme wurden die Zahnstocher in 3 µl Blutaliquots eingetaucht. Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0038] Das Ergebnis ist in Figur 4 gezeigt: M - Marker; A - 20 IE Heparin / 500 µl 10 %iges Tween®20 (20 Replikate); B - 10 %iges Tween®20 ohne Heparin (5 Replikate); N1 - Negativkontrolle: Unbehandelte Zahnstocher; N2 - Negativkontrolle: PCR ohne Templatezugabe
[0039] Fazit: Bei Verwendung von Zahnstochern zum Probentransfer, welche nur mit Tween20-Lösung beschichtet wurde liefern 5 von 5 Reaktionen keine Amplifikate, wohingegen bei Verwendung von Zahnstochern, die mit Heparin/Tween®-Lösung beschichtet wurden, 19 von 20 Rekationen Amplifikaten bilden. Tween®20 stellt somit einen Hilfsstoff (Detergenz, Netzmittel) dar, keinen Wirkstoff. Beispiel 5: 20 Replikate. Kontrolle: Probentransferwerkzeug unbehandeltProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0040] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): 20 IE Heparin/500 µl 10 %iges Tween®20 (20 Replikate)Probentransfer: Zur Probenaufnahme wurden die Zahnstocher in 10 µL Blutaliquots eingetauchtPrimer: Primerpaar # 1PCR-Programm: # 2
[0041] Das Ergebnis ist in Figur 5 gezeigt: M - Marker; A - 20 IE Heparin / 500 µl 10 %iges Tween®20 (20 Replikate); N - Negativkontrolle: Unbehandelte Zahnstocher
[0042] Fazit: Bei Verwendung von Zahnstochern zum Probentransfer, welche Heparin/Tween®-Lösung beschichtet wurden und zur Probenaufnahme in 10 µl Blutaliquots tief eingetaucht wurden, liefern 20 von 20 Reaktionen Amplifikate, wohingegen bei Verwendung von unbehandelten Zahnstochern, 2 von 2 Rekationen keine Amplifikate bilden. Beispiel 6: Eintauchtiefen in Heparin und BlutProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0043] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher. Beschichtungslösung: 38 IE Heparin/ml Lösung enthaltend 10 % Tween®20. Verschiedene Eintauchtiefen der Zahnstocher in die Beschichtungslösung: 9 mm, 5 mm, 13 mm. Verschiedene Eintauchtiefen des beschichteten Zahnstochers ins Blut: 5 mm, 13 mm. Eintauchtiefe des mit Blut beladenen Zahnstochers in die PCR: ca. 3 mm für alle. Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0044] Das Ergebnis ist in Figur 6 gezeigt: Eintauchtiefen des Zahnstochers; M: Marker, DNA-Leiter; A: Heparinlösung 10 mm, Blut 5 mm; B: Heparinlösung 5 mm, Blut 13 mm; C: Heparinlösung 13 mm, Blut 13 mm; N: unbehandelte Zahnstocher, Blut 5 mm
[0045] Fazit: Bei Verwendung von mit Heparinlösung behandelter Zahnstocher zum Probentransfer von Blut in die PCR lassen sich mit verschiedenen Eintauchtiefen der Zahnstocher in die Heparinlösung zu Beschichtung als auch mit verschiedenen Eintauchtiefen in die PCR zu Abgabe des Blutes Amplifikate bilden, wohingegen sich beim Bluttransfer mit unbeschichteten Zahnstochern keine Amplifikate bilden. Beispiel 7: Robustheit Werkzeug: mechanische Einwirkung und anderesProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0046] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher, Beschichtungslösung: 38 IE Heparin/ml Lösung enthaltend 10 % Tween20. Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0047] Das Ergebnis ist in Figur 7 gezeigt: A: Frisch hergestellte Probentransferwerkzeuge, Kontakt des blutbeladenen Werkzeugs mit der PCR für eine Sekunde; B: dto, aber Kontakt des blutbeladenen Werkzeugs mit der PCR für fünf Sekunden; C: dto, aber Kontakt des blutbeladenen Werkzeugs mit der PCR mit kreisender Bewegung in der PCR für ca. drei Sekunden; D: Wie A), jedoch Probentransferwerkzeug vor Blutaufnahme / Verwendung auf den Tisch falle lassen, um die mechanische Stabilität der Beschichtung zu testen; E: Wie A), aber Probentransferwerkzeuge verwendet, die ca. fünf Wochen alt waren; F: Wie D), aber Probentransferwerkzeuge verwendet, die ca. fünf Wochen alt waren; N1: Unbeschichtete Werkzeuge zum Bluttransfer verwendet; N2: PCR-Negativkontrolle (No Template Control)
[0048] Fazit: Mit Heparin beschichtete Zahnstocher sind für mindestens mehrere Wochen lagerstabil, überstehen eine mechanische Belastung (Hinfallen). Das Einbringen der Blutprobe in die PCR kann durch kurzzeitigen Kontakt (ca. eine Sekunde) aber auch - wenngleich mit etwas geringerem Erfolg - durch längeren Kontakt oder durch Einrühren erfolgen. Beispiel 8: Diverse Blutproben
[0049] Probenmaterial: EDTA-Kaninchenblut, EDTA-Mausblut, Citrat-Mausblut, EDTA-Rattenblut, EDTA-HühnerblutWerkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher, 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 LösungPrimer: Primerpaar # 1 (Kaninchen), Primerpaar # 2 (Maus), Primerpaar # 3 (Ratte), Primerpaar # 4 (Huhn)PCR-Programm: # 2 Kaninchen, Maus, Ratte bzw. # 3 für Huhn
[0050] Das Ergebnis ist in Figur 8 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: EDTA-Kaninchenblut, Heparin beschichteter Zahnstocher; B: EDTA-Kaninchenblut, unbeschichteter Zahnstocher; C: EDTA-Rattenblut, Heparin beschichteter Zahnstocher; D: EDTA-Rattenblut, unbeschichteter Zahnstocher; E: EDTA-Hühnerblut, Heparin beschichteter Zahnstocher; F: EDTA-Hühnerblut, unbeschichteter Zahnstocher; G: EDTA-Mausblut, Heparin beschichteter Zahnstocher; H: EDTA-Mausblut, unbeschichteter Zahnstocher; I: Citrat-Mausblut, Heparin beschichteter Zahnstocher; J: Citrat-Mausblut, unbeschichteter Zahnstocher
[0051] Fazit: Die Verwendung von Zahnstochern zum Transfer von Blutprobenaliquots in die PCR ermöglicht oder verbessert die Bildung von Amplifikaten in der PCR, sofern sie mit Heparin beschichtet sind, im Vergleich zu unbeschichteten Zahnstochern. Dies gilt für Blutproben verschiedener Organismen und Antikoagulantien. Versuchsaruppe II: Pflanzenblattproben Beispiel 9: Weizen, Mais, Baumwolle: Werkzeug behandelt vs. unbehandeltProbenmaterial: Blattmaterial von Weizen, Mais, Baumwolle
[0052] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung. Primer: Primerpaar # 5 (Baumwolle), Primerpaar # 6 (Weizen und Mais) PCR-Programm: # 1
[0053] Das Ergebnis ist in Fig. 9 gezeigt: M - Marker; A - Baumwolle, Werkzeug unbeschichtet; B - Baumwolle, Heparinwerkzeug; C - Weizen, Werkzeug unbeschichtet; D - Weizen, Heparinwerkzeug; E - Mais, Werkzeug unbeschichtet; F - Mais, Heparinwerkzeug
[0054] Fazit: Die Verwendung heparinbeschichteter Zahnstocher zum Transfer von Probenmaterial von Weizen-, Mais- und Baumwollblättern führt zur Bildung von erwarteten Amplifikationsprodukten. Bei Weizen und Mais wurde ein 447 bp Amplifikat, bei Baumwolle ein 308 bp Amplifikat gebildet. Beispiel 10: Soja: Werkzeug behandelt vs. unbehandeltProbenmaterial: Pflanzenblattmaterial von Soja
[0055] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): 40 IE Heparin/ml 10 %igem Tween®20 Primer: Primerpaar # 6 PCR-Programm: # 2
[0056] Das Ergebnis ist in Figur 10 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Unbehandelter Zahnstocher zum Transfer von Sojabohnenblattmaterial in die PCR verwendet. Vier Proben; B: Mit Heparin/Tween® beschichteter Zahnstocher zum Transfer von Sojabohnenblattmaterial in die PCR verwendet. Vier Proben
[0057] Fazit: Durch Verwendung heparinbehandelter Zahnstocher zum Transfer von Sojabohnenblattmaterial in die PCR verbessert sich die Amplifikatbildung im Vergleich zur Verwendung unbehandelter Zahnstocher. Beispiel 11: Soja, Weizen, Mais, Tabak: Werkzeug behandelt. Einfache Kontrollen
[0058] Probenmaterial: Blätter von Arabidopsis, Weizen, Soja, Mais, Tabak Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung. Primer: Primerpaar # 7 Soja, Primerpaar # 8 Mais, Primerpaar # 9 Weizen, Primerpaar # 10 Tabak PCR-Programm: # 1 für Weizen und Tabak. # 4 für Soja und Mais
[0059] Das Ergebnis ist in Figur 11 gezeigt: M - Marker (1x je Gel); N - Negativkontrolle (No template control, 1x je Pflanzenart); A - Soja (4x); B - Mais (4x); C - Weizen (4x); D - Tabak (4x)
[0060] Fazit: Durch Verwendung von heparinbehandelter Zahnstocher zum Transfer von Blattmaterial on Soja, Mais, Weizen und Tabak lassen sich mit Pflanzenarten spezifischen Primern in der PCR Amplifikate erzeugen. Beispiel 12: Arabidopsis - Probennahme: durchstechen, kratzenProbenmaterial: Arabidopsis Blätter
[0061] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 11 PCR-Programm: # 5
[0062] Das Ergebnis ist in Figur 12 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Alte Blätter mit heparinbehandeltem Zahnstocher zur Probenaufnahme durchstochen; B: Junge Blätter mit heparinbehandeltem Zahnstocher zur Probenaufnahme angekratzt; C: Junge Blätter mit heparinbehandeltem Zahnstocher zur Probenaufnahme durchstochen; N: Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0063] Fazit: Von jungen und alten Arabidopsisblättern können mit Hilfe von heparinisierten Zahnstochern Proben in die PCR transferiert und dann erfolgreich amplifiziert werden. Die Pflanzenblattprobe kann sowohl mittels Durchstechung des Blattes oder mittels Ankratzen des Blattes aufgenommen werden. Beispiel 13: Tabak - Probennahme: anstechen, kratzen. Zeitdauer Probentransfer 0-4 sProbenmaterial: Tabakblätter
[0064] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 1
[0065] Das Ergebnis ist in Figur 13 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Blätter mit heparinisiertem Zahnstocher angestochen, dann sofort Transfer in die PCR; B: Blätter mit heparinisiertem Zahnstocher angestochen, dann vier Sekunden warten, dann Transfer in die PCR; C: Blätter mit heparinisiertem Zahnstocher angekratzt, dann vier Sekunden warten, dann Transfer in die PCR; N: Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0066] Fazit: Von Tabakblättern können mit Hilfe von heparinisierten Zahnstochern Proben in die PCR transferiert und dann erfolgreich amplifiziert werden. Die Pflanzenblattprobe kann nach Aufnahme auf den Zahnstocher durch Anstechen des Blattes sofort (ca. eine Sekunde) oder nach Wartezeit von 4 s in die PCR transferiert werden und liefert Amplifikate. Beispiel 14: Tabak - Probennahme und -transfer: stechen, kratzen, 1x, 2x antippen, einrührenProbenmaterial: Tabakblatt
[0067] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 1
[0068] Das Ergebnis ist in Figur 14 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Blatt anstechen --> sofort Transfer (einmal Eindippen) in die PCR; B: Blatt anstechen --> nach 4 s Transfer in die PCR; C: Blatt anstechen --> sofort 2x Eindippen in die PCR; D: Blatt anstechen --> sofort in die PCR einrühren; E: Blatt ankratzen --> sofort in die PCR Eindippen; F: Blatt ankratzen --> sofort 2x in die PCR Eindippen; G: Blatt ankratzen --> sofort in die PCR einrühren
[0069] Fazit: Von Tabakblättern können mit Hilfe von heparinisierten Zahnstochern Proben in die PCR transferiert und dann erfolgreich amplifiziert werden. Nach Anstechen des Pflanzenblattes kann direkt oder erst nach 4 s der Zahnstocher in die PCR gedippt werden; dabei kann die Probe vom Zahnstocher durch einmaliges oder zweimaliges Eindippen der Spitze in die PCR oder durch Einrühren überführt werden. Ein Ankratzen der Blattoberfläche führt teilweise zu ausbleibender Amplifikation, wahrscheinlich, weil beim Kratzen im Vergleich zum Stechen weniger Pflanzenmaterial an der Spitze hängen bleibt. Beispiel 15: Mechanische Stabilität der Beschichtung. TabakProbenmaterial: Tabakblatt
[0070] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 1
[0071] Das Ergebnis ist in Figur 15 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Heparin-beschichtete Zahnstocher zum Probentransfer verwendet, frisch, ohne schütteln; B: Unbeschichtete Zahnstocher zum Probentransfer verwendet.; C: Heparin-beschichtete Zahnstocher vor Verwendung in einer Verpackung (Kunststoffbeutel im Karton) geschüttelt (Transportsimulation)
[0072] Fazit: Heparinbehandelte Zahnstocher behalten ihre Funktionalität als inhibitorinaktivierende Probentransferwerkzeuge auch dann, wenn sie zuvor in einem Kunststoffbeutel einige Zeit geschüttelt werden (Transportsimulation). Beispiel 16: Duplex PCR Tabak-Wein, BioanaylzerProbenmaterial: Blatt von Tabak, Wein
[0073] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10; Primerpaar # 12 PCR-Programm: # 1
[0074] Das Ergebnis ist in Figur 16 gezeigt: M - Marker; A - Duplex PCR-Mix; Template: Tabak; B - Duplex PCR-Mix; Template: Weinblätter; C - Duplex PCR; Template: Tabak + Weinblätter
[0075] Fazit: Mit dem Werkzeug ist es auch möglich, Probenmaterial von zwei verschiedenen Pflanzen durch aufeinanderfolgenden Anstechen in eine PCR zu transferieren und erfolgreich zu amplifizieren. Beispiel 17: Soja, Baumwolle, Weizen, Amplikon 418 bpProbenmaterial: Blatt von Soja, Baumwolle, Weizen
[0076] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 13 PCR-Programm: # 6
[0077] Das Ergebnis ist in Figur 17 gezeigt: M - Marker; A - Soja; B - Baumwolle; C - Weizen; N - Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0078] Fazit: Von Soja-, Baumwolle- und Weizen-Blattmaterial kann bei Transfer von Probenmaterial mit dem Werkzeug erfolgreich ein 418 bp große Produkt amplifiziert werden. Beispiel 18: Baumwolle, Weizen, Amplikon 745 bpProbenmaterial: Blätter von Baumwolle und Weizen
[0079] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 14 PCR-Programm: # 7
[0080] Das Ergebnis ist in Figur 18 gezeigt: M: Maker, DNA-Leiter; A: Baumwolle; B: Weizen; N: Negativkontrolle (No template control)
[0081] Fazit: Nach Transfer von Baumwoll- und Weizenblattmaterial mittels des Werkzeugs in die PCR ist es möglich ein 745 bp großes DNA-Fragment zu amplifizieren. Beispiel 19: Tabak, Weinblätter: Nach Probenaufnahme direkter Proben-transfer vs. Eintrocknung ProbeProbenmaterial: Blattmaterial von Soja, Tabak, Wein
[0082] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 7 Soja, Primerpaaar # 10 Tabak, Primerpaar # 12 Wein PCR-Programm: # 7 Tabak, Wein; # 8 Soja
[0083] Das Ergebnis ist in Figur 19 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Soja. Direkter Probentransfer nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug; B: Soja. Auf Werkzeug aufgetrocknete Probe: Nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug wurde es für 1,5 h an der Luft getrocknet. Erst danach erfolgte die Berührung der Werkzeugspitze mit der PCR; C: Tabak. Direkter Probentransfer nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug; D: Tabak. Auf Werkzeug aufgetrocknete Probe: Nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug wurde es für 1,5 h an der Luft getrocknet. Erst danach erfolgte die Berührung der Werkzeugspitze mit der PCR; E: Weinblätter. Direkter Probentransfer nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug; F: Weinblätter, Auf Werkzeug aufgetrocknete Probe: Nach Aufnahme der Probe auf das Werkzeug wurde es für 1,5 h an der Luft getrocknet. Erst danach erfolgte die Berührung der Werkzeugspitze mit der PCR; N - Negativkontrolle (keine Probenzugabe).
[0084] Fazit: Nach Aufnahme von Pflanzenblattmaterial auf das Werkzeug kann das Werkzeug für 1,5 h gelagert werden, bevor das Probenmaterial vom Werkzeug in die PCR überführt wird, ohne Beeinträchtigung der Funktionalität. Beispiel 20: Duplex PCR Soja, Baumwolle, Weizen, 418 bp + 757 bpProbenmaterial: Blattmaterial von Soja, Baumwolle, Weizen
[0085] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primermix # 15 PCR-Programm: # 7 (Annealing 55 °C); # 11 (Annealing 52 °C)
[0086] Das Ergebnis ist in Figur 20 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Soja; B: Baumwolle; C: Weizen; N: Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0087] Fazit: Mit Verwendung des Transferwerkzeuges ist es möglich, nachfolgend Duplex PCRs durchzuführen und in einer PCR sowohl ein 418 bp Fragment als auch ein 757 bp Fragment aus Pflanzenblattmaterial zu amplifizieren. Beispiel 21: Probennahme: Einstechen vs. Durchstechen, Tabak, WeinProbenmaterial: Blätter von Tabak und Wein
[0088] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 Tabak, Primerpaar # 12 Wein PCR-Programm: # 9
[0089] Das Ergebnis ist in Figur 21 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Tabak. Einstechen - das Blatt liegt auf einer festen Unterlage und mit dem Transferwerkzeug wird in das Blatt hineingestochen; B: Tabak. Durchstechen - das Blatt wird mit dem Werkzeug ca. 5-10 mm durchstochen; C: Wein. Einstechen - das Blatt liegt auf einer festen Unterlage und mit dem Transferwerkzeug wird in das Blatt hineingestochen; D: Wein. Durchstechen - das Blatt wird mit dem Werkzeug ca. 5-10 mm durchstochen; N: Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0090] Fazit: Mit dem Probentransferwerkzeug kann aus einen Pflanzenblatt Probenmaterial aufgenommen werden, indem in das Blatt hineingestochen wird, während es auf einer festen Unterlage liegt oder indem es 5 - 10 mm durchstochen wird. Beispiel 22: Beschichtungsprozedur: Einzeln oder im Bündel
[0091] Probenmaterial: Blatt vom Tabak, welches vor Verwendung ca. 1,5 Monate bei ca. 4 °C im Kühlschrank gelagert wurdeWerkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 1
[0092] Das Ergebnis ist in Figur 22 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Zahnstocher wurden einzeln beschichtet; B: Zahnstocher wurden als Bündel von 100 Stück beschichtet. Aus dem Bündel wurden von der Mitte und vom Rand zur Testung Zahnstocher zum Probentransfer verwendet; N1: Negativkontrolle 1 - Unbeschichtete Zahnstocher zum Probentransfer verwendet; N2: Negativkontrolle 2 (No template control)
[0093] Fazit: Zahnstocher könne sowohl einzeln, als auch gebündelt zu 100 Stück mit Heparin/Detergenz beschichtet werden, um zu der Funktionalität des Inhibitor inaktivierenden Probentransferwerkzeuges zu gelangen. Beispiel 23: Vergleich: Lysat vs. direkter Probentransfer. Tabak, Baumwolle
[0094] Probenmaterial: Blatt von Tabak und Baumwolle direkt, bzw. ein Lysat davon (Lysatherstellung: 20 µl Lysepuffer + 0,5 µl Proteinase K + 1 mm Durchmesser Blattstanzling, 3 min Inkubation bei Raumtemperatur, 3 min Inkubation bei 98 °C). Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 Tabak (422 bp Amplifikat), Primerpaar # 5 Baumwolle (308 bp Amplifikat) PCR-Programm: # 1
[0095] Das Ergebnis ist in Figur 23 gezeigt: M: Marker; A: Tabak, Probentransfer mit behandeltem Probentransferwerkzeug; B: Tabak; Lysatherstellung mit Lysepuffer und Proteinase, dann Transfer von 1 µl hiervon in die PCR; N: Negativkontolle (No template contol); C: Bauwolle; Probentransfer mit behandeltem Probentransferwerkzeug; D: Baumwolle; Lysatherstellung mit Lysepuffer und Proteinase, dann Transfer von 1 µl hiervon in die PCR; N: Negativkontolle (No template control) Fazit: Bei Verwendung des mit Wirkstoff beschichteten Transferwerkzeuges kann die PCR genauso erfolgreich ablaufen wie bei Verwendung eines Pflanzenblattlysates als Probenmaterial. Beispiel 24: PCR-Volumen 10-50 µl, Tabak, BaumwolleProbenmaterial: Blätter von Baumwolle, Tabak
[0096] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 Tabak, Primerpaar # 5 Baumwolle PCR-Programm: # 1
[0097] Das Ergebnis ist in Figur 24 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: PCR-Volumen 10 µl; Tabak; N10: PCR-Volumen 10 µl, Negativkontrolle (keine Probenzugabe); B: PCR-Volumen von 10 µl; Baumwolle; C: PCR-Volumen 20 µl, Tabak; D: PCR-Volumen 20 µl, Baumwolle; E: PCR-Volumen 50 µl; Tabak; F: PCR-Volumen 50 µl; Baumwolle; N50: PCR-Volumen 50 µl, Negativkontrolle (keine Probenzugabe)
[0098] Fazit: Mit Wirkstoff beschichtete Probentransferwerkzeuge können verwendet werden um Probenmaterial in 10 µl-50 µl Volumen umfassende PCRs zu transferieren und ermöglichen so die erfolgreiche PCR-Amplifikation der Zielprodukte. Beispiel 25: Lagerversuch der Beschichtung: frisch vs. 2 Monate bei -20°C bis +37°C Probenmaterial: Blatt vom Tabak
[0099] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 12
[0100] Das Ergebnis ist in Figur 25 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Verwendung von frisch hergestellten Transferwerkzeugen; B: Verwendung von beschichteten Transferwerkzeugen, die 2 Monate bei RT gelagert wurden; C: Verwendung von beschichteten Transferwerkzeugen, die 2 Monate bei 37 °C gelagert wurden; D: Verwendung von beschichteten Transferwerkzeugen, die 2 Wochen bei 4 °C gelagert wurden; E: Verwendung von beschichteten Transferwerkzeugen, die 2 Wochen bei -20 °C gelagert wurden; F: Verwendung von unbeschichteten Zahnstochern
[0101] Fazit: Die mit Heparin/Detergenz beschichteten Transferwerkzeuge sind für mindestens 2 Monate bei 37 °C-Lagerung stabil und können danach als Inhibitor inaktivierende Probentransferwerkzeuge verwendet werden. Beispiel 26: ProduktvergleichProbenmaterial: Blätter von Weizen, Tabak, Baumwolle
[0102] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 9 Weizen, Primerpaar # 10 Tabak, Primerpaar # 5 Baumwolle PCR-Programm in Eppendorf Gradient Cycler: MN: PCR Programm # 1; Thermo Scientific: # 13; Sigma: # 14; Bioline: # 15; KAPA: # 16
[0103] Das Ergebnis ist in Figur 26 a - f gezeigt. Es wurden folgende Prozeduren/Produkte miteinander verglichen: MN, einfache Probenvorbereitung mittels schneller Lyse; MN, erfindungsgemäßes Verfahren mittels Probentransferwerkzeug; Thermo Scientific Phire Plant Direct PCR, Verdünnungsprotokoll; Thermo Scientific Phire Plant Direct PCR, Direktprotokoll, Probentransfer mittels Biopsypuncher; Sigma Extrac-N-Amp Plant PCR, einfache Probenvorbereitung mittels schneller Lyse; Bioline MyTaq Plant PCR, Direktprotokoll; KAPA3G Plant PCR, Direktprotokoll
[0104] Alle Prozeduren / Kits wurden mit Blättern von Weizen, Tabak und Baumwolle getestet.
[0105] Die Durchführung der Probenvorbereitung mittels schneller Lyse erfolgte wie folgt: 20 µl Lysepuffer enthaltend Tris, KCl sowie nichtionisches Detergenz) + 0,5 µl Proteinase K Lösung (20 mg/ml) + ca. 1 qmm Blattscheibe, 2 min bei Raumtemperatur schütteln, 3 min bei 98 °C inkubieren. Hiervon wurde dann 1 µl als Template in die PCR gegeben.
[0106] Die Durchführung mit den Produkten von Thermo, Sigma, Bioline und Kapa erfolgten laut Herstellerangaben. Die Amplifikate wurden mit Bioanalyzer untersucht.
[0107] Vergleich gegen Thermo Scientific Phire Plant Direct PCR (Fig. 26 a) L: DNA-Leiter 1: MN, Tabak, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 2: MN, Tabak, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 3: MN, Baumwolle, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 4: MN, Baumwolle, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 5: MN, Weizen, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 6: MN, Weizen, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 7: Thermo, Tabak, Verdünnungsprotokoll 8: Thermo, Tabak, Probentransfer mittels Biopsypuncher 9: Thermo, Baumwolle, Verdünnungsprotokoll 10: Thermo, Baumwolle, Probentransfer mittels Biopsypuncher 11: Thermo, Weizen, Verdünnungsprotokoll 12: Thermo, Weizen, Probentransfer mittels Biopsypuncher
[0108] Fazit: In allen Fällen werden die Zielfragmente (422 bp, 308 bp, 201 bp) amplifiziert. Das erfindungsgemäße Verfahren (Spur 2, 4, 6 Verwendung des Probentransferwerkzeugs) ist gegenüber der Methode Thermo Scientific Phire Plant Direct PCR, Direktprotokoll, Probentransfer mittels Biopsypuncher, insofern vorteilhaft, als das kein Biopsie-Stanzer verwendet und gereinigt / dekontaminiert werden muss und sich darüber hinaus weniger Nebenprodukte bilden.
[0109] Vergleich gegen Sigma Extrac-N-Amp Plant PCR und KAPA3G Plant PCR, Direktprotokoll (Fig. 26 b) L: DNA-Leiter 1: MN, Tabak, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 2: MN, Tabak, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 3: MN, Baumwolle, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 4: MN, Baumwolle, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 5: MN, Weizen, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 6: MN, Weizen, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 7: Sigma, Tabak, einfache Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 8: Sigma, Baumwolle, einfache Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 9: Sigma, Weizen, einfache Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 10: Kapa, Tabak, Probentransfer mittels Biopsypuncher 11: Kapa, Baumwolle, Probentransfer mittels Biopsypuncher 12: Kapa, Weizen, Probentransfer mittels Biopsypuncher
[0110] Fazit: In den meisten Fällen werden die Zielfragmente (422 bp, 308 bp, 201 bp) amplifiziert. Das erfindungsgemäße Verfahren (Spur 2, 4, 6 Verwendung des Probentransferwerkzeugs) ist gegenüber der Methode Sigma und Kapa insofern vorteilhaft, als das auch das 422 bp Produkt gebildet wird, dieses jedoch mit dem Sigma und Kapa Kit nicht gebildet wird (Spur 7, 10). Weiterhin ist das erfindungsgemäße Verfahren gegen über den andere beiden Kits vorteilhaft, dass entweder kein Biopsie-Stanzer verwendet und gereinigt/dekontaminiert werden muss oder kein Lysat hergestellt werden muss.
[0111] Vergleich gegen Bioline MyTaq Plant PCR, Direktprotokoll (Fig. 26 c) L: Marker 1: MN, Tabak, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 2: MN, Tabak, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 3: MN, Baumwolle, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 4: MN, Baumwolle, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 5: MN, Weizen, Probenvorbereitung mittels schneller Lyse 6: MN, Weizen, Verwendung des erfindungsgemäßen Probentransferwerkzeuges 7: Bioline, Tabak, 8: Bioline, Baumwolle, 9: Bioline, Weizen,
[0112] Fazit: In allen Fällen werden die Zielfragmente (422 bp, 308 bp, 201 bp) amplifiziert. Das erfindungsgemäße Verfahren (Spur 2, 4, 6, Verwendung des Probentransferwerkzeugs) ist gegenüber der Methode Bioline insofern vorteilhaft, als das kein Biopsie-Stanzer verwendet und gereinigt / dekontaminiert werden muss und mehr Zielprodukt gebildet wurde.
[0113] Die quantitative Auswertung der gebildeten Amplifikate ist in nachfolgenden Abbildungen dargestellt.
[0114] Abbildung: Fig. 26 d Tabak; Fig. 26 e Baumwolle; Fig. 26 f Weizen: Beschriftung: MN, schwarzer Balken: Lyseprotokoll; MN, grauer Balken: Verwendung des den Inhibitor inaktivierende Probentransfer-Werkzeugs; Sigma: Sigma Extrac-N-Amp Plant PCR Kit; Kapa: KAPA3G Plant PCR Kit; Bioline: Bioline MyTaq Plant PCR Kit; Thermo: Thermo Scientific Phire Plant Direct PCR Kit Balken: schwarz: Lyseprotokoll; grau: Direkt = direkter Transfer von Blattmaterial in die PCR; hellgrau: Nebenprodukte
[0115] Fazit: Das erfindungsgemäße Verfahren (MN, direkt) liefert in der Mehrzahl der Fälle höhere Ausbeuten an Zielfragment, als die Mitbewerberverfahren. Weiterhin treten beim erfindungsgemäßen Verfahren weniger detektierbare Nebenprodukte auf (Amplifikate anderer Größen als die Zielgrößen). Versuchsgruppe III: Andere Probenarten Beispiel 27: Avocadofruchtfleisch: Werkzeug +/- HeparinProbenmaterial: Fruchtfleisch von Avocado
[0116] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10%iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 5 PCR-Programm: # 1
[0117] Das Ergebnis ist in Figur 27 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Unbehandelte Zahnstocher zum Probentransfer verwendet; B: Inhibitor inaktivierendes Probentransferwerkzeug verwendet
[0118] Fazit: Bei Verwendung des mit Wirkstoff beschichteten Zahnstochers (Probentransferwerkzeug) zum Transfer von Avocadofruchtfleisch als Probenmaterial in die PCR bildet sich gut erkennbares Zielprodukt, wohingegen bei Verwendung von unbehandelten Zahnstochern kein nennenswertes Amplifikat gebildet wird. Das erfindungsgemäße Verfahren ist somit nicht nur für Blut- und Pflanzenblattmaterial vorteilhaft verwendbar, sondern auch für Avocadofruchtfleisch. Beispiel 28: Avocadofruchtfleisch: Werkzeug +/- HeparinProbenmaterial: Fruchtfleisch von Avocado
[0119] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 5 PCR-Programm: # 1
[0120] Das Ergebnis ist in Figur 28 gezeigt: M: Marker, DNA Leiter; A: Verwendung unbehandelter Zahnstocher zum Probentransfer; B: Verwendung behandelter Zahnstocher zum Probentransfer. Das Avocadofruchtfleisch wurde kurz angestochen; C: Verwendung behandelter Zahnstocher zum Probentransfer. Das Avocadofruchtfleisch wurde kurz angestochen sowie darüber gekratzt.
[0121] Fazit: Fazit: Bei Verwendung des mit Wirkstoff beschichteten Zahnstochers (Probentransferwerkzeug) zum Transfer von Avocadofruchtfleisch als Probenmaterial in die PCR bildet sich gut erkennbares Zielprodukt, wohingegen bei Verwendung von unbehandelten Zahnstochern kein nennenswertes Amplifikat gebildet wird. Wird das Probenmaterial nicht nur angestochen, sondern auch noch darüber mit dem Probentransferwerkzeug gekratzt, wird weniger oder kein Zielprodukt gebildet, was auf die größere Menge des transferierten Probenmaterials zurückzuführen ist. Beispielgruppe IV: Unterschiedliche Wirkstoffe Beispiel 29: Chondrotinsulfat 5%, 1% im Vergleich zu Heparin und NegativkontrolleProbenmaterial: Maus EDTA-Blut
[0122] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit: A: 5 %iger und B: 1 %iger Lösung von Chondrotinsulfat-Natriumsalz (CAS 9082-07-9) in einer 10 %igen Tween®20-Lösung; C: 20 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 2 PCR-Programm: # 2
[0123] Das Ergebnis ist in Figur 29 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; Transfer der Probe mit Zahnstocher beschichtet mit: A: 5 %ige Lösung von Chondrotinsulfat-Natriumsalz in einer 10 %igen Tween®20-Lösung, B: 1 %ige Lösung von Chondrotinsulfat-Natriumsalz in einer 10 %igen Tween®20-Lösung, C: 20 IE Heparin je ml 10 %iger Tween®20 Lösung, D: unbeschichteter Zahnstocher, N: Negativkontrolle (No template control)
[0124] Fazit: Nicht nur Heparin, sondern auch Chondroitinsulfat ist geeignet, um ein funktionelles Inhibitor inaktivierendes Probentransferwerkzeug herzustellen. Beispiel 30: Dextransulfat 0,1-5% im Vergleich zur Heparinkontrolle und NK, Maus EDTA-BlutProbenmaterial: Maus EDTA-Blut
[0125] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit einer Lösung von 5% Chodroitinsulfat bzw. 5%, 3%, 1%, 0,5%, 0,1% Dextransulfat (CAS 9011-18-1) in 10 %iger Tween®20 Lösung. Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung. Primer: Primerpaar # 2 PCR-Programm: # 2
[0126] Das Ergebnis ist in Figur 30 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; Transfer der Probe mit Zahnstocher beschichtet mit: A: 5 %iger Lösung Chondrotinsulfat-Natriumsalz in 10 %iger Tween®20 Lösung, B: 5 %iger Lösung Dextransulfat in 10%iger Tween®20 Lösung, C: 3 %iger Lösung Dextransulfat in 10 %iger Tween®20 Lösung, D: 1 %iger Lösung Dextransulfat in 10 %iger Tween®20 Lösung, E: 0,5 %iger Lösung Dextransulfat in 10 %iger Tween®20 Lösung, F: 0,1 %iger Lösung Dextransulfat in 10 %iger Tween®20 Lösung, G: 20 IE Heparin / ml 10%iger Tween®20 Lösung, H: Negativkontrolle unbeschichteter Zahnstocher, N: Negativkontrolle (No template control)
[0127] Fazit: Zahnstocher, die mit einer 0,1-0,5 %igen Lösung von Dextansulfat beschichtet sind, können als funktionelle Inhibitor inaktivierende Probentransferwerkzeuge verwendet werden (E, F), ebenso wie Zahnstocher, die mit Chondroitinsulfat-Natriumsalz (A) oder Heparin (G) beschichtet sind. Probentransfer mit unbehandelten Zahnstochern führt hingegen nicht zu einer erfolgreichen Amplifikation (H). Beispiel 31: Chaotropsalzlösung anstelle von HeparinProbenmaterial: Kresseblattbrei, hergestellt durch Zerreibung von 1 Masseteil Kresseblätter mit 1 Masseteil Wasser
[0128] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit einer Lösung aus 6 M Guanidinhydrochlorid (CAS 50-01-01), 90 mM EDTA (CAS 60-00-4), 1,5% Tween®20, 50 mM Tris-Cl pH 8) sowie Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 5 für eine 308 bp Target; Primerpaar # 5 für ein 447 bp Target. PCR-Programm: # 2 Das Ergebnis ist in Figur 30 gezeigt:
[0129] Abbildung oberer Teil: Primerpaar # 5, 308 bp Amplifikat: M: Marker; A: Unbehandelte Zahnstocher zum Probentransfer; B: Mit Heparin behandelte Zahnstocher zum Probentransfer; C: Mit Chaotropsalzlösung behandelter Zahnstocher zum Probentransfer; N: Negativkontrolle (No template control)Abbildung unterer Teil: Primerpaar # 5, 447 bp Amplifikat: M: Marker; D: Unbehandelte Zahnstocher zum Probentransfer; E: Mit Heparin behandelte Zahnstocher zum Probentransfer; F: Mit Chaotropsalzlösung behandelter Zahnstocher zum Probentransfer; N: Negativkontrolle (No template control)
[0130] Fazit: Eine Inhibitor-inaktivierende Wirkung lässt sich für Kresseblattbrei nicht nur durch eine Beschichtung eines Probentransferwerkzeuges mit Heparin, sondern auch durch Beschichtung mit einer Chaotropsalzlösung erzeugen.
[0131] Anmerkung: Der Wirkmechanismus kann für Heparin und Chaotropsalzlösung gleich oder unterschiedlich sein. Es ist davon auszugehen, dass Heparin Inhibitoren in Proben bindet und dadurch inaktiviert. Chaotropsalze inhibieren entweder durch ihre denaturierende Wirkung Inhibitoren, sie können jedoch auch durch ihre denaturierende und lysefördernde Wirkung die DNA-Freisetzung unterstützen. Beispiel 32: Carrageenan 0,05 - 0,5%, KaninchenblutProbenmaterial: EDTA-Kaninchenblut
[0132] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit 0,5 % bzw. 0,1 % bzw. 0,05 % λ-Carrageenan (CAS 9064-57-7) in Wasser Primer: Primerpaar # 1 PCR-Programm: # 2
[0133] Das Ergebnis ist in Figur 32 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Probentransferwerkzeug beschichtet mit 0,5 % wässriger Lösung von λ-Carrageenan; B: Probentransferwerkzeug beschichtet mit 0,1 % wässriger Lösung von λ -Carrageenan; C: Probentransferwerkzeug beschichtet mit 0,05 % wässriger Lösung von λ-Carrageenan; D: Unbehandeltes Probentransferwerkzeug; N: Negativkontrolle (No template control)
[0134] Fazit: Transfer einer EDTA-Kaninchenblutprobe in eine 10 µl PCR mittels eines Kunststoffzahnstochers, der mit 0,5 %iger wässriger λ-Carrageenan Lösung beschichtet wurde, ermöglicht eine nachfolgende Amplifikation eines 813 bp langen DNA-Fragmentes, wohingegen die Verwendung eines unbehandelten Zahnstochers nicht zur Amplifikation des Zielfragmentes führt. Beispiel 33: Dextransulfat 0,01 %-1,5 % mit Tabak
[0135] Probenmaterial: Tabakblatt, zwei Wochen im Kühlschrank gelagert Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung bzw. mit Dextransulfatkonzentrationen von 0,01 %-1,5 % in 10 %iger Tween®20 Lösung. Primer: Primerpaar # 10 PCR-Programm: # 1
[0136] Das Ergebnis ist in Figur 33 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Unbehandelte Zahnstocher; B: Heparin-behandelte Zahnstocher; C: 0,5 % Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; D: 1% Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; E: 1,5 % Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; F: 0,1 % Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; G: 0,05 % Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; H: 0,01 % Dextransulfatlösung zur Zahnstocherbehandlung; N: Negativkontrolle (No template control)
[0137] Fazit: Durch Beschichtung von Zahnstochern mit einer 0,01 %igen Dextransulfatlösung lässt sich ein funktionelles Inhibitor-inaktivierendes Probentransferwerkzeug herstellen, welches erfolgreich für den Probentransfer/Amplifikation von Tabakblättern verwendet werden kann. Beispiel 34: Arabidopsis: Heparin, Dextran vs. Unbeschichtet und NKProbenmaterial: Blätter von Arabidopsis
[0138] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung bzw. mit Dextransulfatkonzentrationen von 0,01 %iger Tween®20 Lösung. Primer: Primerpaar # 11 PCR-Programm: # 1 jedoch mit 52 °C Annealing Temperatur
[0139] Das Ergebnis ist in Figur 34 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Heparin-beschichtete Zahnstocher; B: Dextransulfat (0,01 %) beschichtete Zahnstocher; C: Unbeschichtete Zahnstocher; N: Negativkontrolle (No templater control)
[0140] Fazit: Dextransulfat beschichtete Probentransferwerkzeuge können nicht nur für Tabakblätter sondern auch für Arabidopsisblätter erfolgreich zum Probentransfer verwendet werden. Beispiel 35: Mais: Dextran 0,001 %, 0,005 %, 0,01 % vs. unbeschichtetProbenmaterial: Blattmaterial von Mais
[0141] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit Dextransulfat-Natriumsalz in 10% Tween®20-Lösung Primer: Primerpaar # 8 PCR-Programm: # 4
[0142] Das Ergebnis ist in Figur 35 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Unbeschichteter Zahnstocher zum Probentransfer; B: Zahnstocher beschichtet mit 0,001 % Dextransulfat-Natriumsalz in 10 % Tween®20; C: Zahnstocher beschichtet mit 0,005 % Dextransulfat-Natriumsalz in 10 % Tween®20; D: Zahnstocher beschichtet mit 0,01 % Dextransulfat-Natriumsalz in 10 % Tween®20
[0143] Fazit: Bei Verwendung von unbeschichteten Zahnstochern zum Transfer von Mais-Blattmaterial in die PCR, werden nur unspezifische Nebenprodukte amplifiziert. Werden Zahnstocher verwendet, die mit 0,005 % oder 0,01 % Dextransulfat beschichtet sind, wird in der PCR das Zielprodukt von 226 bp gebildet. Beispiel 36: GITC und GuHCl +/- Tween mit WeinblattProbenmaterial: Weinblätter
[0144] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit verschiedenen Chaotropsalzen Primer: Primerpaar # 12 PCR-Programm: # 12
[0145] Das Ergebnis ist in Figur 36 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Zahnstocherbeschichtung: 4 M GuSCN in 2 % Tween®20; B: Zahnstocherbeschichtung: 4 M GuSCN in 10 % Tween®20; C: Zahnstocherbeschichtung: 5 M GuSCN; D: Zahnstocher-beschichtung: 5 M GuSCN in 10 % Tween®20; E: Zahnstocherbeschichtung: LiHeparin-Tween®; F: Negativkontrolle: Zahnstocher unbeschichtet; G: Zahnstocher-beschichtung: 8 M GuHCl in 10 % Tween®20; H: Zahnstocherbeschichtung: 6,4 M GuHCl in 20 % Tween®20; I: Zahnstocherbeschichtung: 6,5 M GuHCl; J: Zahnstocher-beschichtung: 6,5 M GuHCl in 10 % Tween®20; K: Zahnstocherbeschichtung: 8 M GuHCl
[0146] Fazit: Werden Zahnstocher zum Probentransfer verwendet, die mit Chaotropsalz/Tween®20 Mischungen beschichtet wurden, kann dies zu vergleichbar guter Amplifikation von DNA in der PCR führen, wie bei Verwendung von Heparin/Tween®20 beschichteten Zahnstochern. Bei Verwendung unbeschichteter Zahnstocher zum Probentransfer von Weinblattmaterial wird hingegen kein Amplifikat gebildet (F). Beispiel 37: Tween® als Hilfsstoff ersetzt durch Wasser bzw. Propylenglykol mit Blätter und Blut Probenmaterial: Weinblätter, Rattenblut
[0147] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher behandelt mit Heparin-Tween®20, Heparin, Heparin-Polypropylenglykol. (Polypropylenglykol: CAS 25322-69-4, durchschnittliches Molekulargewicht: 2700 g/mol) Primer: Primerpaar # 12 (Weinblätter), Primerpaar # 3 (Rattenblut) PCR-Programm: # 12 (Weinblättr); # 17 (Rattenblut)
[0148] Das Ergebnis ist in Figur 37 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; Zum Probentransfer für unterschiedlichen Probenmaterialien wurden Zahnstocher verwendet, die zuvor mit verschiedenen Lösungen beschichtet wurden; A: Weinblatt; Beschichtung: Heparin in Wasser; B: Weinblatt; Beschichtung: Heparin in 10 % Polypropylenglykol; C: Weinblatt; Beschichtung: Heparin in 10 % Tween®20; D: Weinblatt; Beschichtung; keine; E: Blut; Beschichtung: Heparin in Wasser; F: Blut; Beschichtung: Heparin in 10 % Polypropylenglykol; G: Blut; Beschichtung: Heparin in 10 % Tween®20; H: Blut; Beschichtung; keine
[0149] Fazit: Die Verwendung eines viskosen, nicht trocknenden Hilfsstoffes zu Lösung und zum Auftrag des Wirkstoffs Heparin auf einen Zahnstocher verbessert die Wirksamkeit. Als Alternative zum Hilfsstoff Tween®20 kann auch Polypropylenglykol als Hilfsstoff verwendet werden. Beispiel 38: λ-Carrageenan mit BlutProbenmaterial: Rattenblut
[0150] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher beschichtet mit 1 % λ-Carrageenan (CAS 9064-57-7) in 10 %iger Tween® 20-Lösung Primer: Primerpaar # 3 PCR-Programm: # 17
[0151] Das Ergebnis ist in Figur 38 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Zahnstocher beschichtet mit Heparin in 10 %iger Tween®20-Lösung; B: Zahnstocher beschichtet mit einer Lösung aus 1 % λ-Carrageenan, 10 % Tween®20; C: Zahnstocher unbeschichtet; D: PCR-Negativkontrolle (no template control)
[0152] Fazit: Als Alternative zu Heparin kann auch λ-Carrageenan als Wirkstoff zur Beschichtung von Probentransferwerkzeugen verwendet werden, so dass bei Transfer von Rattenblut in die PCR mittels Carrageenan-beschichtetem Werkzeug ein Amplifikat der Zielgröße (191 bp) entsteht. Beispiel 39: λ-Carrageenan mit Fleisch (Ziege)Probenmaterial: Ziegenfleisch (roh)
[0153] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher, der mit einer Lösung aus 0,5 % λ-Carrageenan, 10 % Tween®20 beschichtet wurde. Primer: Primerpaar # 16 PCR-Programm: # 18
[0154] Das Ergebnis ist in Figur 39 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Unbehandelter Zahnstocher zum Probentransfer; B: Zahnstocher wurde vor Probentransfer mit 0,5 % λ-Carrageenan, 10 % Tween®20 beschichtet.
[0155] Fazit: Wird mittels eines mit λ-Carrageenan-Tween®20 behandelten Zahnstochers Probenmaterial von Ziegenrohfleisch durch Anstechen aufgenommen und in die PCR transferiert, kann das Zielfragment von 142 bp amplifiziert werden, wohingegen bei Verwendung eines unbeschichteten Zahnstochers kein oder viel weniger Amplifikat gebildet wird. Beispielgruppe V: Unterschiedliche Materialien und Formen des Probentransferwerkzeugs Beispiel 40: Zahnstocher, Pipettenspitzen, BüroklammerProbenmaterial: Baumwollblätter
[0156] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher sowie Pipettenspitze 0,5-10 µl, Büroklammer behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 5 PCR-Programm: # 1
[0157] Das Ergebnis ist in Figur 40 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Kunststoffzahnstocher unbeschichtet; B: Kunststoffzahnstocher beschichtet mit Heparin/Tween; C: Pipettenspitze unbeschichtet; D: Pipettenspitzen beschichtet mit Heparin/Tween; E: Draht (Büroklammer, aufgebogen) unbeschichtet; F: Draht (Büroklammer, aufgebogen) beschichtet mit Heparin/Tween®
[0158] Fazit: Nicht nur Kunststoffzahnstocher können durch Beschichtung mit einem Wirkstoff in Inhibitor inaktivierende Probentransferwerkzeuge überführt werden, sondern auch hohle, röhrenförmige Pipettenspitzen sowie Draht (aufgebogene Büroklammer). Beispiel 41: Combitips Innenteil, Büroklammer mit BaumwollblattProbenmaterial: Baumwollblätter
[0159] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoff-stäbchen (Innenteil einer Combitip 100 µl), Draht (Büroklammer) behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 5 PCR-Programm: # 12
[0160] Das Ergebnis ist in Figur 41 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Innenteil einer Combitip unbeschichtet; B: Innenteil einer Combitip beschichtet; C: Draht (Büroklammer) unbeschichtet; D: Draht (Büroklammer) beschichtet
[0161] Fazit: Durch Beschichtung von Kunststoff-Stäbchen (Innenteil einer Combitip Pipettenspitze) die keine Zahnstocher sind, sowie einer aufgebogenen Büroklammer mit Heparin/Tween®20 kann ein Inhibitor-inkativierendes Probentransferwerkzeug hergestellt werden. Beispiel 42: Polystyrolstäbchen aus Wägeschiffchen mit BlutProbenmaterial: Rattenblut
[0162] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Kunststoffzahnstocher und ein Abschnitt (spitz zugeschnitten) eines Polystyrol-Wägeschälchens behandelt mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 3PCR-Programm: # 17
[0163] Das Ergebnis ist in Figur 42 gezeigt: M: Marker - DNA-Leiter; A: Zahnstocher beschichtet mit Heparin/Tween®20; B: Spitz zugeschnittener Abschnitt eines Polystyrol Wägeschälches beschichtet mit Heparin/Tween®20; C: Zahnstocher (unbeschichtet); D: Spitz zugeschnittener Abschnitt eines Polystyrol Wägeschälches (unbeschichtet)
[0164] Fazit: Als Werkzeugmaterial kommt neben Kunststoffen, die typischerweise für Zahnstocher verwendet werden, auch spitz zulaufende Stäbchen aus Polystyrolmaterial zur Herstellung von Inhibitor inaktivierenden Probentransferwerkzeuge in Frage. Beispiel 43: Pipettenspitze mit BlutProbenmaterial: Rattenblut
[0165] Werkzeugbeschreibung (Art und Menge von Wirk- und Hilfsstoffen): Labortypische 10/20 µl Pipettenspitze (vor Firma Starlab) beschichtet mit 38 IE Heparin/ml 10 %iger Tween®20 Lösung Primer: Primerpaar # 3 PCR-Programm: # 17
[0166] Das Ergebnis ist in Figur 43 gezeigt: M: Marker, DNA-Leiter; A: Unbeschichtete Pipettenspitze; B: Beschichtete Pipettenspitze
[0167] Fazit: Auch labortypische Pipettenspitzen können durch Beschichtung mit Heparin/Tween®20 in einen Inhibitor inaktivierendes Probentransferwerkzeug überführt werden. Beispiel 44: Ermittlung der Wirkstoffmengen am Transfer Tool.
[0168] A. Getestet und als wirksam festgestellte Wirkstoffkonzentrationen der Beschichtungslösung. Beispiel Wirkstoffkonzentration in der Beschichtungslösung mit positiven Ergebnissen 1 24 IE, 240 IE Heparin / ml 2 240 I.E. Heparin / ml 3 40 I.E. Heparin / ml 4 40 I.E. Heparin / ml 5 40 I.E. Heparin / ml 6 38 I.E. Heparin / ml 7 38 I.E. Heparin / ml 8 38 I.E. Heaprin / ml 9 38 IE Heparin / ml 10 40 IE Heparin / ml 11 38 IE Heparin / ml 12 38 IE Heaprin / ml 13 - 28 38 IE Heparin / ml 29 1% und 5% Chondrotinsulfat-Natriumsalz 30 5% Chondrotinsulfat-Natriumsalz, 1%, 0,5%, 0,1% Dextransulfat, 31 6 M GITC, 90 mM EDTA, 1,5% Tewen®, 50 mM Tris pH8 32 0,5%, 0,1%, 0,05% Carrageenan 33 0,05%, 0,01% Dextransulfat 34 0,01% Dextransulfat 35 0,01%, 0,005% Dextransulfat 36 4 M, 5 M GITC, 6,4 M, 8 M GuHCl 37 Heparin 38 1% Carrageenan 39 0,5% Carrageenan 40 38 IE Heparin 41 38 IE Heparin 42 38 IE Heparin 43 38 IE Heparin Wirksame Wirkstoffkonzentrationsbereiche der Beschichtungslösungen: Heparin: 24 - 240 IE / ml Chondrotinsulfat-Natriumsalz: 1% - 5% Dextransulfat: 0,005 - 1% Carrageenan: 0,05% - 1% Chaotropsalz: 4 M - 8 M B. Flüssigkeitsmenge, die von einem Zahnstocher durch Eintauchen von ca. 1 cm der Spitze aufgenommen wird.Die auf der Zahnstocherspitze nach Eintauchen haftende Flüssigkeitsmenge wurde zunächst auf 5 nl geschätzt (aufgrund von Messungen mit Tinte), dies erschien aber recht wenig, daher erfolgte eine direkte Messung mit 200 Zahnstochern.Gemessene Menge an Beschichtungslösung, die bei 10 mm Eintauchtiefe am Zahnstocher haften bleibt: ca. 0,132 µl pro Zahnstocher (Mittel von 200 Zahnstochern).C. Ermittlung der Oberfläche der Zahnstocherspitze für Eintauchtiefe von 10 mm. Druchmesser auf 10 mm Höhe: 1,0 - 1,4. Mittel: 1,2 mm Durchmesser auf 1 mm Höhe: 0,54 - 0,60 mm. Mittel: 0,57 mm. Mittlerer Durchmesser: 0,885 mm Mittlerer Umfang: 2Pi^∗r=0,885^∗3,14=2,78 mm Zylinderfläche: U^∗h = 2,78 ^∗ 10 = 27,8 mm². Spitzenfläche: F=Pir² = (0,57/2)^{2 ∗} 3,14 = 0,255 mm² Oberfläche Zahnstocher bei Eintauchtiefe von 10 mm: 27,8 + 0,895 = 28,1 mm ² Gemessene Menge an Beschichtungslösung, die bei 10 mm Eintauchtiefe am Zahnstocher haften bleibt: ca. 0,132 µl pro Zahnstocher (Mittel von 200 Zahnstochern). D. Berechnung der Wirkstoffmenge je mm² beschichteter Zahnstocheroberfläche. Heparin: 24 - 240 IE / ml --> Je 0,132 µl anhaftender Beschichtungslösung sind das 0,003 - 0,03 IE Heparin. Verteilt auf 28,1 mm², ergibt sich: 0,0001 - 0,001 IE Heparin/mm² bzw. 0,01 - 0,1 IE Heparin/cm². Fazit: Die beschichtete Oberfläche des Zahnstochers mit Heparin als Wirkstoff weist eine Heparinmenge von ca. 0,01 - 0,1 IE Heparin/cm ² auf. Chondrotinsulfat-Natriumsalz:
[0169] 1% - 5% --> 1 - 5 g/100 ml --> 0,01 - 0,05 g/ml --> 10 - 50 mg/ml --> 0,01 - 0,05 mg/µl.
[0170] Je 0,132 µl Anhaftungslösung sind das 0,0013 - 0,0066 mg Wirkstoff am Zahnstocher.
[0171] Verteilt sich diese Menge auf 28,1 mm², ergibt sich: 0,000046 - 0,00023 mg/mm², oder 0,0046 - 0,023 mg/cm², oder 4,6 - 23 µg/cm ² . Dextransulfat:
[0172] 0,005% - 1% --> 0,005 - 1 g / 100 ml --> 0,00005 - 0,01 g/ml oder mg/µL --> 0,05 - 10 µg/µl
[0173] Je 0,132 µl Anhaftungslösung sind das 0,0066 - 1,3 µg Wirkstoff am Zahnstocher. Verteilt sich diese Menge auf 28,1 mm², ergibt sich: 0,00023 - 0,046 µg/mm², oder 0,023 - 4,6 µg/cm ² . Carrageenan:
[0174] 0,05% - 1% in der Wirkstofflösung, oder 0,23 - 4,6 µg/cm ² . Chaotropsalz:
[0175] 4 M - 8 M --> 4 - 8 mol/l oder µmol/µl
[0176] Je 0,132 µl Anhaftungslösung sind das 0,53 - 1,1 µmol Wirkstoff am Zahnstocher. Verteilt sich diese Menge auf 28,7 mm², ergibt sich: 0,018 - 0,037 µmol/mm², oder 1,8 - 3,7 µmol/cm ² . E. Fazit.Heparin: 0,01 - 0,1 IE je cm² Stäbchenoberfläche
[0177] Andere Polysaccaride: 0,023 - 23 µg/cm². Gerundet 0,02 - 25 µg/cm² Chaotropsalz: 1,8 - 3,7 µmol/cm². Gerundet 1,5 - 4 µmol/cm².

权利要求:
Claims (15)
[0001] Stab- oder röhrenförmiges Probentransferwerkzeug zum direkten Transfer kleiner Probenvolumen/Probenmengen, wobei das Probentransferwerkzeug wenigstens einen Abschnitt aufweist, der mit einem oder mehreren Wirkstoffen beschichtet ist, der auf eine Nukleinsäure-enthaltende Probe Einfluss nimmt, so dass in der Probe enthaltene Stoffe, die eine nach dem Transfer erfolgende enzymatische Reaktion hemmen, zumindest teilweise gebunden oder inaktiviert werden.
[0002] Probentransferwerkzeug nach Anspruch 1, wobei
(i) die enzymatische Reaktion insbesondere eine Nachweisreaktion ausgewählt aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation ist; und/oder
(ii) der/die Wirkstoffe Verbindungen, die eine nach dem Transfer erfolgende enzymatische Reaktion inhibieren, inaktivieren oder deren inhibitorische Wirkung reduzieren, wobei das Probentransferwerkzeug geeignet ist, entweder durch den/die Wirkstoff(e) diese Verbindungen/Inhibitoren zu binden oder den/die Wirkstoff(e) abzugeben, um dadurch die Inhibitoren zu inaktivieren, und wobei der/die Wirkstoffe ausgewählt sind aus Antikoagulantien und Polysacchariden wie Heparin, Chondrotinsulfat, Heparansulfat, Keratansulfat, Amidopektinen, Hyaluronsäure, Pektinen, Xanthan, Chitosan, Oligo-Glucosamin, Dextransulfat, Carrageen, Methylcellulose, Guaran und anderen Stoffen wie Chaotropsalze, für die bekannt ist, dass sie enzymatische Reaktionen hemmende/inhibitorische Stoffe inaktivieren; und/oder
(iii) der/die Wirkstoffe bei Kontakt mit der Probe in die Probe abgegeben oder in der Probe gelöst werden.
[0003] Probentransferwerkzeug nach Anspruch 1 oder 2, wobei der/die Wirkstoffe in einer ausreichenden Inhibitor-hemmenden Menge auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden ist/sind, wobei insbesondere für Heparin eine Beschichtung von 0,001 bis 0,5, bevorzugt 0,01 bis 0,1 IE/cm² Probentransferwerkzeugoberfläche, für andere Polysaccharide eine Beschichtung von 0,005 bis 500, bevorzugt 0,02 bis 25 µg/cm² Probentransferoberfläche und für Chaotropsalze eine Beschichtung von 0,1 bis 50, bevorzugt 1,5 bis 4 µmol/cm² Probentransferwerkzeugoberfläche auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden ist/sind.
[0004] Probentransferwerkzeug nach einem oder mehreren der Ansprüche 1 bis 3, welches
(i) die Form eines Stäbchens, eines Stiftes, einer Nadel, eines Röhrchens oder einer Pipettenspitze aufweist; und/oder
(ii) aus einem festen Material ausgewählt aus Kunststoff, Holz, Pappe, Papier, Keramik, Glas, Keramik, Ton, Magnesia, Metall und Kombinationen daraus besteht; und/oder
(iii) einen Bereich, der zum Kontakt mit der Nukleinsäure-haltigen Probe bestimmt ist und der mit dem/den Wirkstoffen beschichtet ist, und einen Bereich mit dem das Probentransferwerkzeug durch den Operator, einschließlich einem Menschen oder einer Maschine, gehalten wird, umfasst; und/oder
(iv) so dimensioniert ist, dass es zum Transferieren kleiner Pobenvolumen/Probenmengen, insbesondere einem Probenvolumen von kleiner 1 µl oder von 10 bis 500 nl, bzw. einer Probenmenge von 10 bis 200 µg, vorzugsweise einem Probenvolumen von 50 bis 200 nl, bzw. einer Probenmenge von 50 bis 200 µg, geeignet ist; und/oder
(v) so mit dem/den Wirkstoff(en) beschichtet ist, dass eine ausreichende Inhibitor-hemmenden Menge des/der Wirkstoffe auf dem Probentransferwerkzeug vorhanden ist/sind; und/oder
(vi) neben dem/den Wirkstoffen das Probentransferwerkzeug noch mit weitere neutralen Detergenzien und Salzen beschichtet ist.
[0005] Probentransferwerkzeug nach einem oder mehreren der Ansprüche 1 bis 4, das aus einem Plastikstäbchen, Zahnstocher oder Kunststoffzahnstocher besteht, das/der mit Heparin beschichtet ist.
[0006] Verfahren zur Herstellung des stab- oder röhrenförmiges Probentransferwerkzeuges nach Ansprüchen 1 bis 5, umfassend das Behandeln/Beschichten des Ausgangs-Probentransferwerkzeugs mit den einem oder mehreren Wirkstoffen.
[0007] Verfahren nach Anspruch 6, umfassend
(i) ein einfaches oder mehrfaches Tauchen des Ausgangs-Probentransferwerkzeugs in eine wässrige Lösung mit den einem oder mehreren Wirkstoffen und nachfolgendes Trocknen des Probentransferwerkzeugs; oder
(ii) ein kovalentes Binden des/der Wirkstoffe an das Ausgangs-Probentransferwerkzeug.
[0008] Verfahren nach Anspruch 6 oder 7, wobei der/die Wirkstoffe ausgewählt sind aus Antikoagulantien und polysacchariden wie Heparin, Chondrotinsulfat, Heparansulfat, Keratansulfat, Amidopektinen, Hyaluronsäure, Pektinen, Xanthan, Chitosan, Oligo-Glucosamin, Dextransulfat, Carrageen, Methylcellulose, Guaran und anderen Stoffen wie Chaotropsalze, für die bekannt ist, dass sie enzymatische Reaktionen hemmende/inhibitorische Stoffe inaktivieren.
[0009] Verwendung des stab- oder röhrenförmigen Probentransferwerkzeuges nach Ansprüchen 1 bis 5 zum direkten Transfer von kleinen Nukleinsäure-haltigen Proben in eine enzymatische Reaktion.
[0010] Verwendung nach Anspruch 9, wobei
(i) die enzymatische Reaktion eine enzymatische Nachweisreaktion ist, die insbesondere ausgewählt ist aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation; und/oder
(ii) die Proben ausgewählt sind aus Körperbestandteilen und Körperflüssigkeiten, einschließlich Blut, Urin, Speichel, Zellen, Gewebe und Stuhl, Pflanzen und Pflanzenbestandteilen, einschließlich jeglicher Art von Pflanzenmaterial, wobei Körperflüssigkeiten, Pflanzenmaterial und Stuhlproben besonders bevorzugt sind.
[0011] Nachweisverfahren umfassend:
(a) in-Kontakt-bringen von dem stab- oder röhrenförmigen Probentransferwerkzeug nach Ansprüchen 1 bis 5 mit einer festen oder flüssigen Phase einer Nukleinsäure-haltigen Probe, so dass eine ausreichende Menge der Nukleinsäure-haltigen Probe an dem Probentransferwerkzeug haften bleibt,
(b) direkten Transfer des Probentransferwerkzeugs zu einem Reaktionsgemisch für eine enzymatische Nachweisreaktion und Eintauchen des Probentransferwerkzeugs in das Reaktionsgemisch, so dass eine für die Nachweisreaktion hinreichende Menge der Nukleinsäure-haltigen Probe in die Enzymreaktion eingetragen wird,
(c) Entfernen des Probentransferwerkzeug aus dem Reaktionsgemisch für die enzymatische Nachweisreaktion; und
(d) Durchführung der enzymatischen Nachweisreaktion.
[0012] Nachweisverfahren nach Anspruch 11, wobei
(i) das Probentransferwerkzeug auf die Nukleinsäure-haltigen Probe Einfluss nimmt, dass in der Probe enthaltene Stoffe, die die enzymatische Nachweisreaktion hemmen, mindestens teilweise inaktiviert oder gebunden werden; und/oder
(ii) die enzymatische Nachweisreaktion ausgewählt ist aus PCR, Reverser Transkription, isothermaler Amplifikation, Restriktion, Sequenzierung und Nukleinsäureamplifikation; und/oder
(iii) die Proben ausgewählt sind aus Körperbestandteilen und Körperflüssigkeiten, einschließlich Blut, Urin, Speichel, Zellen, Gewebe und Stuhl, Pflanzen und Pflanzenbestandteilen, einschließlich jeglicher Art von Pflanzenmaterial, wobei Körperflüssigkeiten, Pflanzenmaterial und Stuhlproben besonders bevorzugt sind; und/oder
(iv) das Reaktionsgemisch sich in einem Reaktionsgefäß, in einem Napf einer Titerplatte oder auf einer ebenen Platte befindet.
[0013] Nachweisverfahren nach Anspruch 11 oder 12, wobei
(i) Schritte (a) und (b), unabhängig voneinander, manuell durch einen Operator, oder maschinell durchgeführt werden; und/oder
(ii) in Schritten (a) und (b) eine kleines Probenvolumen von weniger als 1 µl oder ein Probenvolumen von 10 bis 500 nl, vorzugsweise von 50 bis 200 nl transferiert wird (bzw. eine Probenmenge von 50 - 200 µg); und/oder
(iii) das Reaktionsvolumen der Nachweisreaktion 1 bis 100 µl, vorzugsweise etwa 10 µl beträgt; und/oder
(iv) vor dem in-Kontakt-bringen von Schritt (a) eine Lyse des Probenmaterials erfolgt.
[0014] Kit zur Durchführung des Nachweisverfahrens nach Ansprüchen 11 bis 13, umfassend ein oder mehrere der Probentransferwerkzeuge nach Ansprüchen 1 bis 5.
[0015] Kit nach Anspruch 14, weiterhin umfassend Reagenzien, Reaktionsgemische und/oder Lösungsmittel für die Nachweisreaktion, und/oder Reagenzien für die Lyse des Probenmaterials.

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公开号 | 公开日

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US20200263236A1|2020-08-20|

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